公开(公告)号：CN112375847B

公开(公告)日：2023-01-24

申请号：CN202011313712.0

申请日：2020-11-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 丁显廷 ,  郅晓 ,  柯雨晴

IPC: C12Q1/70 ,  C12Q1/6844 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于医学生物技术研究领域，本发明公开一种基于CRISPR/Cas13a系统的乙型肝炎病毒基因分型检测方法，步骤包括：1、设计crRNA序列并通过体外转录合成；2、使用NCBI Primer Blast在线工具设计HBV基因组DNA的通用型重组聚合酶扩增(RPA)引物；3、合成与纯化乙型肝炎病毒RNA；4、使用Cas13a酶和能够同时识别HBV B型和C型病毒的HBV crRNA进行检测方法的灵敏度测试；5、使用Cas13a酶和crRNA对含有HBV B型或C型基因组DNA的质粒进行酶切荧光测试。与目前常规的检测手段相比，本发明公开的方案具有操作简单，灵敏度高，价格低的特点，同时在其特异性识别区域含有额外的发卡结构，以提高检测高特异性，可以在1‑2小时内实现对HBV基因型的区分。

公开(公告)号：CN113774165A

公开(公告)日：2021-12-10

申请号：CN202111055890.2

申请日：2021-09-09

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 丁显廷 ,  郅晓 ,  柯雨晴 ,  朱大为

IPC: C12Q1/70 ,  C12Q1/686 ,  C12N15/11 ,  C12R1/93

Abstract: 本发明公开了一种HBV基因分型检测方法和试剂盒，属于基因检测技术领域。本发明选取了HBV基因组中三段含有不同位置SNP的序列作为Cas12a酶的靶标位点，并分别设计了不同的gRNA，使其能够引导Cas12a酶对不同基因型的HBV产生差异性信号响应，从而实现基因分型的目的，为了提高CRISPR‑Cas12a系统用于基因分型的特异性，对gRNA的部分碱基进行甲氧基化学修饰，使其在常规的CRISPR‑Cas12a系统的基础上，能够更加准确和稳定地实现基因分型。本发明优点在于实现了高特异性、快速、操作简单、成本低HBV基因分型检测。

公开(公告)号：CN112375847A

公开(公告)日：2021-02-19

申请号：CN202011313712.0

申请日：2020-11-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 丁显廷 ,  郅晓 ,  柯雨晴

IPC: C12Q1/70 ,  C12Q1/6844 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明属于医学生物技术研究领域，本发明公开一种基于CRISPR/Cas13a系统的乙型肝炎病毒基因分型检测方法，步骤包括：1、设计crRNA序列并通过体外转录合成；2、使用NCBI Primer Blast在线工具设计HBV基因组DNA的通用型重组聚合酶扩增(RPA)引物；3、合成与纯化乙型肝炎病毒RNA；4、使用Cas13a酶和能够同时识别HBV B型和C型病毒的HBV crRNA进行检测方法的灵敏度测试；5、使用Cas13a酶和crRNA对含有HBV B型或C型基因组DNA的质粒进行酶切荧光测试。与目前常规的检测手段相比，本发明公开的方案具有操作简单，灵敏度高，价格低的特点，同时在其特异性识别区域含有额外的发卡结构，以提高检测高特异性，可以在1‑2小时内实现对HBV基因型的区分。

公开(公告)号：CN111676272A

公开(公告)日：2020-09-18

申请号：CN202010635552.5

申请日：2020-07-03

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 丁显廷 ,  王韵晴 ,  柯雨晴 ,  刘文佳 ,  孙亦清

IPC: C12Q1/6844 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/04

Abstract: 本发明公开了一种基于Cas12a/crRNA的食源致病菌检测方法，涉及食源致病菌的检测技术领域，包括以下步骤：步骤1、煮沸法提取食物中细菌的基因组，形成检测底物；步骤2、将试剂，包括Cas12a、扩增试剂，crRNA，ssDNA-FQ reporter和检测底物放在同一离心管中进行一步式检测。本发明实现真正的一步式反应，一次性混合所需试剂和检测底物，避免多余的操作和可能的污染，可以实现在一小时内对aM级别的核酸检测和1CFU/mL的细菌检测。