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公开(公告)号：CN1900311A
公开(公告)日：2007-01-24
申请号：CN200610029143.0
申请日：2006-07-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种猪促卵泡激素β亚基基因单体型的分离鉴定方法，属于家畜分子生物学技术领域。方法步骤包括，提取猪的基因组DNA，猪促卵泡激素β亚基基因的PCR(聚合酶链式反应)扩增，扩增产物的多态性检测，单体型的构建及其与猪繁殖性状的相关性分析。本发明的特征是分离鉴定出一个新的猪促卵泡激素β亚基基因的单体型H21。本发明利用猪促卵泡激素β亚基基因的单体型与猪繁殖性状显著相关的特性，为猪的标记辅助选种和选配提供了新的分子标记方法。
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公开(公告)号：CN1900310A
公开(公告)日：2007-01-24
申请号：CN200610029142.6
申请日：2006-07-20
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种猪雌激素受体基因单体型的分离鉴定方法，属于家畜分子生物学技术领域。方法的步骤包括，提取猪的基因组DNA，猪雌激素受体基因的PCR聚合酶链式反应扩增，扩增产物的多态性检测，单体型的构建及其与猪繁殖性状的相关性分析。本发明的特征是分离鉴定出一个新的猪雌激素受体基因的单体型H121。本发明利用猪雌激素受体基因的单体型与猪繁殖性状显著相关的特性，为猪的标记辅助选种和选配提供了新的分子标记方法。
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公开(公告)号：CN1629286A
公开(公告)日：2005-06-22
申请号：CN200410025393.8
申请日：2004-06-24
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种猪单胺氧化酶A蛋白编码序列，用于基因工程领域。具有SEQ ID NO.1中从第40－1623位的核苷酸序列，其同人、小鼠、牛、狗的单胺氧化酶A蛋白编码序列同源性为91.26％。具有SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列的多肽、或其保守性变异多肽、或其活性片段，或其活性衍生物，其同人、小鼠、牛、狗的单胺氧化酶A氨基酸序列同源性为92.83％。本发明参考其它哺乳动物MAO－A基因序列，并利用同源克隆和电子克隆方法，克隆测序获得猪MOA－A的cDNA序列，并对不同物种MAO－A基因的CDS序列进行同源性比较，将大大有益于为今后研究MAO－A基因与仔猪断奶应激敏感性的关系研究和人类相关疾病的研究和治疗。
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公开(公告)号：CN103049679A
公开(公告)日：2013-04-17
申请号：CN201210587248.3
申请日：2012-12-28
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明提供了一种蛋白质潜在致敏性的预测方法，包括以下步骤：步骤一，制作训练正集和训练负集；步骤二，对蛋白质的各类属性进行编码，构建特征向量；步骤三，引用最大相关最小冗余方法进行特征排序，引用递增式的特征选择方法进行最优特征选择；步骤四，通过对选择出的特征进行统计分析，给出与蛋白质致敏特性显著相关的特征结果报告。本发明提供的预测方法可以有效地对蛋白质的潜在致敏性进行预测，其准确度比现有的计算生物学预测方法更高，并且能有效分析出同蛋白质的致敏特性相关的蛋白特征，对过敏原预测、蛋白质致敏性机制研究有着重要作用。
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公开(公告)号：CN104715166B
公开(公告)日：2017-11-10
申请号：CN201510096519.9
申请日：2015-03-04
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 一种基于预测加权整合的农作物潜在过敏原检测实现方法，利用规范化的加权平均分(WAS，weighted average of the normalized scores)整合基于序列相似性的FAO/WHO规则1、规则2预测方法和基于SVM的PREAL算法，增加预测的性能和覆盖范围，通过把序列、二级结构等层面信息尽可能全面地引入我们的模型，我们可以更清楚地将过敏原与非过敏原区别开来，从而达到提高预测精确度的效果。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104715166A
公开(公告)日：2015-06-17
申请号：CN201510096519.9
申请日：2015-03-04
Applicant: 上海交通大学
Inventor： 李婧
IPC: G06F19/18
Abstract: 一种基于预测加权整合的农作物潜在过敏原检测实现方法，利用规范化的加权平均分(WAS，weighted average of the normalized scores)整合基于序列相似性的FAO/WHO规则1、规则2预测方法和基于SVM的PREAL算法，增加预测的性能和覆盖范围，通过把序列、二级结构等层面信息尽可能全面地引入我们的模型，我们可以更清楚地将过敏原与非过敏原区别开来，从而达到提高预测精确度的效果。
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公开(公告)号：CN1712532A
公开(公告)日：2005-12-28
申请号：CN200410025394.2
申请日：2004-06-24
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种用于生物基因工程领域的猪单胺氧化酶B的蛋白编码序列。具有SEQ IDNO.1中从第129－1691位的核苷酸序列，其同人、小鼠、大鼠、牛、狗单胺氧化酶B蛋白编码序列同源性为92.73％。具有SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列的多肽、或其保守性变异多肽、或其活性片段，或其活性衍生物，其同人、小鼠、大鼠、牛、狗单胺氧化酶B氨基酸序列同源性为93.81％。能够为人类应激相关疾病的研究提供动物模型，本发明参考其它哺乳动物MAO－B基因序列，并利用同源克隆和电子克隆方法，克隆测序获得猪MOA－B的cDNA序列，并对不同物种MAO－B基因的CDS序列进行同源性比较，将大大有益于为今后研究MAO－B基因与猪应激敏感性的关系研究和人类相关疾病的研究和治疗。
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公开(公告)号：CN103049679B
公开(公告)日：2017-07-11
申请号：CN201210587248.3
申请日：2012-12-28
Applicant: 上海交通大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明提供了一种蛋白质潜在致敏性的预测方法，包括以下步骤：步骤一，制作训练正集和训练负集；步骤二，对蛋白质的各类属性进行编码，构建特征向量；步骤三，引用最大相关最小冗余方法进行特征排序，引用递增式的特征选择方法进行最优特征选择；步骤四，通过对选择出的特征进行统计分析，给出与蛋白质致敏特性显著相关的特征结果报告。本发明提供的预测方法可以有效地对蛋白质的潜在致敏性进行预测，其准确度比现有的计算生物学预测方法更高，并且能有效分析出同蛋白质的致敏特性相关的蛋白特征，对过敏原预测、蛋白质致敏性机制研究有着重要作用。
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公开(公告)号：CN1904065A
公开(公告)日：2007-01-31
申请号：CN200610028881.3
申请日：2006-07-13
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种猪钙蛋白酶抑制蛋白基因单体型的分离鉴定方法，属于家畜分子生物学技术领域。其步骤包括，提取猪的基因组DNA，钙蛋白酶抑制蛋白基因的PCR扩增，扩增产物的多态性检测，单体型的构建及其与猪肉肉质性状的相关性分析。本发明的特征是分离鉴定出两个新的猪钙蛋白酶抑制蛋白基因的单体型H2121和H1211。本发明利用钙蛋白酶抑制蛋白基因的单体型与猪肉肉质性状显著相关的特性，为猪的标记辅助选种和选配提供了新的分子标记方法。
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公开(公告)号：CN1563379A
公开(公告)日：2005-01-12
申请号：CN200410017694.6
申请日：2004-04-15
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/12
Abstract: 一种猪的5羟色胺4受体b亚型的基因序列。用于基因工程技术领域。从猪的结肠组织总RNA中扩增出的5羟色胺4受体b亚型基因的核苷酸序列，该基因全长1209bp，开放阅读框1bp－1209bp区段，编码有402个氨基酸的蛋白质，分子量为44960道尔顿，等电点pI为8.08。本发明猪5羟色胺4受体b亚型基因对猪胃肠运动功能调节有重要调控作用，是研究猪应激性腹泻以及进行猪分子标记辅助育种重要的候选基因。本发明的一方面可以通过制备该基因的蛋白，用于研究该基因在调节猪胃肠运动功能中的作用；另一方面可以为建立应激性腹泻的动物模型提供理论基础，并且能够为猪分子标记辅助育种起到指导性作用，因此本发明具有很大的应用价值。
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