公开(公告)号：CN114937477B

公开(公告)日：2024-06-21

申请号：CN202210449795.9

申请日：2022-04-26

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 徐振礼 ,  梁久阳 ,  周颀

IPC: G16C10/00

Abstract: 本发明公开了一种分子动力模拟的随机分批高斯和方法，涉及分子动力学技术领域。借助高斯和(Sum‑of‑Gaussians,SOG)逼近方法构建针对一般核函数的分解方式。基于SOG构建的核函数分解具有良好性质，进而可以将随机分批应用在傅里叶部分，达到节省通信时间的效果。随机分批高斯和方法(RBSOG)不仅能够节约库仑长程相互作用的计算时间，也可以适用于加速一般的长程相互作用。RBSOG算法作为一套新的快速长程相互作用计算方法，将为计算机辅助药物设计领域提供助力，也能够助力包括脱氧核糖核酸的聚集、蛋白质的折叠/解折叠、探究核糖核酸逆转录在新冠病毒生命周期中发挥的作用在内的广泛的研究课题。

公开(公告)号：CN114937477A

公开(公告)日：2022-08-23

申请号：CN202210449795.9

申请日：2022-04-26

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 徐振礼 ,  梁久阳 ,  周颀

IPC: G16C10/00

Abstract: 本发明公开了一种分子动力模拟的随机分批高斯和方法，涉及分子动力学技术领域。借助高斯和(Sum‑of‑Gaussians,SOG)逼近方法构建针对一般核函数的分解方式。基于SOG构建的核函数分解具有良好性质，进而可以将随机分批应用在傅里叶部分，达到节省通信时间的效果。随机分批高斯和方法(RBSOG)不仅能够节约库仑长程相互作用的计算时间，也可以适用于加速一般的长程相互作用。RBSOG算法作为一套新的快速长程相互作用计算方法，将为计算机辅助药物设计领域提供助力，也能够助力包括脱氧核糖核酸的聚集、蛋白质的折叠/解折叠、探究核糖核酸逆转录在新冠病毒生命周期中发挥的作用在内的广泛的研究课题。