一种基于全基因组SNP信息划分种猪血统的方法

    公开(公告)号:CN110176274B

    公开(公告)日:2023-03-10

    申请号:CN201910386174.9

    申请日:2019-05-09

    Abstract: 本发明公开了一种基于全基因组SNP信息对种猪进行血统划分的方法。先对划分对象采集身体组织,提取DNA,通过某种基因分型技术对每个体的基因组SNP进行分型,通过质控,筛选出合格的SNP位点。通过基因组SNP基因型计算个体间的加性遗传相关值,然后用1减去该值作为两两个体之间的“距离”,接下来对两两组合通过R语言“hclust”函数进行聚类分析,取0.9844作为划分血统的阈值。本发明相对传统血统划分方法,得到的结果清晰简洁,并且充分吸收了来自父母双方传递的等位基因信息,对血统的划分具有更高的可靠性。

    一种血清外泌体ssc-miR-92b-3p作为母猪早期妊娠诊断分子标志物的应用

    公开(公告)号:CN110804659B

    公开(公告)日:2023-02-03

    申请号:CN201911011796.X

    申请日:2019-10-23

    Abstract: 本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种血清外泌体ssc‑miR‑92b‑3p作为母猪早期妊娠诊断分子标志物的应用。所述的血清外泌体ssc‑miR‑92b‑3p的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明确定了最早在怀孕的第9天血清中外泌体miRNA的水平变化并确定了在妊娠第9至15天期间ssc‑miR‑92b‑3p表达的水平增加,该miRNA可以作为猪早期妊娠的新的生物标记物。本发明还提供了一种检测上述分子标志物的引物和试剂盒。与现有技术相比,本发明具有早期、方便、快捷、特异和灵敏的特点,从而缩短假孕母猪的空怀期,及早采取复配,有利于生产管理,提高生产效率,为母猪早期妊娠诊断提供了新的途径。

    一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法

    公开(公告)号:CN113096729B

    公开(公告)日:2022-03-18

    申请号:CN202110333465.9

    申请日:2021-03-29

    Abstract: 本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法。本发明基于circRNA染色体位置信息,得到circRNA同方向起始位置前100个碱基的染色体位置信息,然后在Linux系统上利用生物信息学软件bedtools获得circRNA同方向前侧位置序列,并进一步得到circRNA同方向前侧位置序列的motif;从已知数据库中下载已知蛋白质的motif的meme格式文件,将其与circRNA同方向前侧位置序列的motif进行比对、匹配,进而得到circRNA的RNA结合蛋白。该方法能够批量预测circRNA的RBP,不受数量和物种的限制。

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