一种大肠杆菌β-内酰胺类获得性耐药表型预测复合方法

    公开(公告)号:CN113077849B

    公开(公告)日:2023-03-31

    申请号:CN202110284392.9

    申请日:2021-03-16

    Abstract: 一种大肠杆菌β‑内酰胺类获得性耐药表型预测复合方法,解决了现有预测耐药表型的工具一般通过对氨基酸序列进行一系列计算,而且计算需要多软件、多系统平台进行,用户友好度不佳,对于非生物学或非信息学的研究人员来说,现有的方法具有很强的技术壁垒的问题,其包括预处理和预测与识别,所述预处理包括步骤:提取目标耐药基因构件训练集;去除非获得性耐药相关基因;随机过程切割数据;预加重和平稳性控制;LPCC特征系数/灰度关联;本发明结构新颖,构思巧妙,模型构建于R包和JavaWeb网页中,并加入数据库更新策略,提高效用价值。

    一种基于菌群的Hi-C检测方法
    43.
    发明公开

    公开(公告)号:CN115109836A

    公开(公告)日:2022-09-27

    申请号:CN202210674267.3

    申请日:2022-06-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于菌群的Hi‑C检测方法,包括以下检测步骤:菌群收集,菌群DNA交联反应,菌群DNA完整性验证,细菌裂解,限制性酶切反应,生物素末端填补,连接反应,反向交联,菌群Hi‑C文库提取,Hi‑C文库纯化,酚氯仿提取DNA,二代建库。利用菌群Hi‑C建库测序技术,能够重现样品中的部分质粒与特定细菌菌群之间的宿主关系,进一步阐明了环境中耐药基因的传播规律。

    一种大肠杆菌β-内酰胺类获得性耐药表型预测复合工具

    公开(公告)号:CN113077849A

    公开(公告)日:2021-07-06

    申请号:CN202110284392.9

    申请日:2021-03-16

    Abstract: 一种大肠杆菌β‑内酰胺类获得性耐药表型预测复合工具,解决了现有预测耐药表型的工具一般通过对氨基酸序列进行一系列计算,而且计算需要多软件、多系统平台进行,用户友好度不佳,对于非生物学或非信息学的研究人员来说,现有的方法具有很强的技术壁垒的问题,其包括预处理和预测与识别,所述预处理包括步骤:提取目标耐药基因构件训练集;去除非获得性耐药相关基因;随机过程切割数据;预加重和平稳性控制;LPCC特征系数/灰度关联;本发明结构新颖,构思巧妙,模型构建于R包和JavaWeb网页中,并加入数据库更新策略,提高效用价值。

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