一种基于近内存计算结构的基因比对加速方法和系统

    公开(公告)号:CN111863139A

    公开(公告)日:2020-10-30

    申请号:CN202010278048.4

    申请日:2020-04-10

    Abstract: 本发明提出一种基于近内存计算结构的基因比对加速方法和系统,包括:将多个垂直的立方内存结构分组,得到多个基因比对处理组;获取参考序列数据,将参考序列数据拆分为参考数据段后分别存储至基因比对处理组,并且通过基因比对加速器的片上网络实现立方内存结构之间数据通信;获取待比对基因序列数据,将待比对基因序列数据拆分为待比对数据段后分别输入至基因比对处理组内各立方内存结构的逻辑层,逻辑层判断与当前待比对数据段比对的参考数据段是否位于本地存储层,若是,则从本地存储层获取参考数据段,与当前待比对数据段进行基因比对,得到比对结果,否则采用函数式消息传递和远端处理的方式得到比对结果。

    一种用于基因相似性分析的加速装置、方法和计算机设备

    公开(公告)号:CN110990063A

    公开(公告)日:2020-04-10

    申请号:CN201911191604.8

    申请日:2019-11-28

    Abstract: 本发明实施例提供了一种用于基因相似性分析的加速装置、方法和计算机设备,该加速装置包括高速通信接口,用于与主机通信,接收主机分发的待加速处理的任务;序列缓存模块,用于缓存来自主机的一个或者多个任务,每个任务包含待进行基因相似性分析的多个基因序列数据;阵列处理机,其上设有用于处理任务的处理单元,处理单元中设有基于数据驱动的流式计算模式处理任务的完整流水线,流水线中配置有处理任务所需的多个定点计算部件;控制模块,其被配置为用于将序列缓存模块中的待处理的任务分配给处理单元;任务缓存模块,其上设置有任务缓存单元,用于缓存分配给处理单元的待处理任务。本发明能够提高基因相似性分析的效率,快速得到分析结果。

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