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公开(公告)号：CN116656834A
公开(公告)日：2023-08-29
申请号：CN202310554249.6
申请日：2023-05-17
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与猪背膘厚关联的PPARγ基因SINE转座子多态分子标记及检测方法和应用，该分子标记存在插入和缺失两种状态；分子标记核苷酸如SEQ ID NO:1所示序列的第121到701位点是一个581bp的正向SINE转座子的插入，PPARγ基因内SINE转座子多态分子标记位点在第49542到49543位点之间，为缺失状态，该分子标记及检测方法，应用于猪的生长性状的选育中，有效加快育种进程。
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公开(公告)号：CN110257425B
公开(公告)日：2022-07-15
申请号：CN201910366530.0
申请日：2019-05-05
Applicant: 扬州大学
IPC: C12N15/85
Abstract: 本发明公开一种PS转座子系统及其介导的基因转移方法，包括可插入目的基因盒的两个末端重复序列的转基因供体质粒和提供转座活性的转座酶辅助质粒。通过PS转座子系统将目的基因导入受体基因组。本发明提供的基于PS转座子系统的基因转移方法，经过细胞和胚胎水平验证能够高效介导基因转移，可应用于多个生物技术领域：1）使用本发明中给出的方法可有效地将目的基因盒插入到宿主基因组中，提高基因转移效率；2）与基因捕获技术结合可以有效开展动物基因功能研究；3）可以介导进行人类基因治疗等。
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公开(公告)号：CN110157811B
公开(公告)日：2022-06-14
申请号：CN201910409360.X
申请日：2019-05-16
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与猪背膘厚关联的GHR基因内SINE转座子多态分子标记、检测方法及应用。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自GHR基因，该序列的200到493位点存在一个反向SINE转座子的插入多态性位点，该位点表现为SINE+/+、SINE+/‑或SINE‑/‑三种基因型，纯合插入基因型（SINE+/+）的个体背膘厚显著小于纯合无插入基因型（SINE‑/‑）的个体。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记可以用于家系选育的早期选择，也可在选配中提供分子依据。将会对背膘性状的选育提供强有力的辅助作用，加快育种进程，减少育种成本。本发明的GHR基因内SINE转座子多态分子标记为筛选猪的背膘厚提供了新的方法。
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公开(公告)号：CN112430622A
公开(公告)日：2021-03-02
申请号：CN202011155827.1
申请日：2020-10-26
Applicant: 扬州大学
Abstract: 本发明属于基因编辑领域，特别涉及一种FokI和dCpf1融合蛋白表达载体及其介导的定点基因编辑方法，本发明将CRISPR/Cpf1编辑系统中经突变失活的dCpf1蛋白与FokI核酸酶融合在一起，构建一种高效的gRNA介导的基因定点编辑系统。该方法利用dCpf1的定点作用与核酸酶FokI的剪切作用，通过二聚体的形式进行剪切，可以提高该基因编辑系统的特异性，并达到较低的脱靶率。相对于Cas9蛋白而言，Cpf1蛋白有更大的优势被用来进行基因编辑等操作。本发明提供了一种更便捷，更高效的融合蛋白介导的基因定点编辑方法。
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公开(公告)号：CN111705144A
公开(公告)日：2020-09-25
申请号：CN202010690558.2
申请日：2020-07-17
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11 , C12N15/12
Abstract: 本发明属于动物遗传育种领域和分子标记选育领域，具体涉及一个与猪背膘厚关联的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记及其检测方法，含有该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其来自ZNF2基因，SEQ ID NO:1序列的251到564位点存在一个正向SINE转座子的插入多态。本发明的ZNF2基因内的SINE转座子多态分子标记可用于猪个体的选育(背膘厚性状)，也可在配种时提供分子依据。该新的分子标记将有力的辅助背膘厚性状的选育，加快育种进度，减少育种成本，提高经济效益。本发明的ZNF2基因内SINE转座子插入多态为筛选猪的背膘厚提供了一个新的分子标记。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107523633B
公开(公告)日：2020-07-03
申请号：CN201710928980.5
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12N15/10 , G16B30/00
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；根据寻找到的每个插入位点，分别向上、下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN107523634B
公开(公告)日：2020-06-02
申请号：CN201710928987.7
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12N15/10 , G16B30/10
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪ERV转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用ERV的LTR序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；每个插入位点分别向上游和下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余并进行多序列比对，每条插入位点序列保留300‑500个ERV插入位点侧翼区核苷酸序列和LTR序列；再根据获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN110257481A
公开(公告)日：2019-09-20
申请号：CN201910384029.7
申请日：2019-05-09
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6809
Abstract: 本发明公开了一种基于比较基因组学的转座子插入多态TIP分子标记的挖掘方法，包括以下步骤：（1）选取目标基因或待研究的基因组片段为参考序列。（2）将参考序列在NCBI的WGS数据库中猪的基因组测序数据进行Blast比对，获取不同品种基因组中的同源序列，并对上述序列进行手动校对和拼接。（3）根据猪转座子数据对参考序列和拼接序列进行转座子注释以及多序列比对。（4）挑选序列间存在的超过100个碱基且对应转座子的Indel位点，作为候选TIP位点。（5）以不同品种的池DNA为模板进行PCR扩增检测，选取带型清楚且存在多态性的TIP位点。该方法可以迅速找到目标区域或基因中便于检测、结果清晰易判断的分子标记。
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公开(公告)号：CN108179198A
公开(公告)日：2018-06-19
申请号：CN201810068583.X
申请日：2018-01-24
Applicant: 扬州大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858
Abstract: 本发明涉及一种基于LINE1转座子与微卫星引物相结合的猪基因组分子标记挖掘方法。该方法是利用LINE1的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列设计特异性引物；同时根据生物信息学分析获得的猪的基因组中分布较广泛的微卫星序列设计微卫星引物；两种引物结合，以不同品种猪的基因组为模板扩增；筛选比较清晰、多态性高，重复性好的扩增条带，克隆测序；将测序结果比对分析，设计旁侧特异性引物与反转录转座子LINE1特异性引物组合，再利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增多个品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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公开(公告)号：CN107523633A
公开(公告)日：2017-12-29
申请号：CN201710928980.5
申请日：2017-10-09
Applicant: 扬州大学
CPC classification number: C12Q1/6806 , C12Q1/6888 , C12Q2600/124 , C12Q2600/156 , G16B30/00 , C12Q2531/113
Abstract: 本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；根据寻找到的每个插入位点，分别向上、下游延伸300-500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。
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