一种物种基因组的启动子查询方法、系统及设备

    公开(公告)号:CN113284559A

    公开(公告)日:2021-08-20

    申请号:CN202110822106.X

    申请日:2021-07-21

    Applicant: 暨南大学

    Abstract: 本发明涉及一种物种基因组的启动子查询方法、系统及设备,该方法包括获取物种的基因组文件、基因组注释文件和fastq文件;依据基因组注释文件,对基因组文件中的所有基因进行排序处理,得到物种启动子文件;采用hisat2或Trinity软件将fastq文件转换为含有高表达基因的FPKM文件;采用步骤S1至步骤S3得到若干物种的物种启动子文件和FPKM文件,并通过若干物种的物种启动子文件和FPKM文件构建启动子数据库。该物种基因组的启动子查询方法可以在启动子数据库查询所需要的基因的启动子,不限制任意物种的基因启动子的查询,不需要额外借助辅助工具,且查询得到的启动子的准确率高。

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