公开(公告)号：CN117275606A

公开(公告)日：2023-12-22

申请号：CN202311254921.6

申请日：2023-09-26

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  张少卿 ,  罗雯睿 ,  丑立本 ,  徐珂凡 ,  谭皓月 ,  郭婧 ,  于红霞 ,  张效伟

IPC: G16C20/30 ,  G16C20/70 ,  G06F18/241 ,  G06F18/213

Abstract: 本发明公开了一种基于化合物2D结构的用途分类模型的构建方法与应用，属于化合物用途高通量预测领域。本发明通过CompTox Chemicals Dashboard数据库收集化合物结构和用途，将化合物结构用分子描述符和混合分子指纹表征，而后去冗余并输入随机森林回归模型进行特征选择、超参数搜索、模型训练和验证，通过化合物的结构实现有效预测化合物的用途，有效填补目前大量化学品仅有结构而用途未知的空白，为我国和全球化学品的管控提供有效辅助和导向。

公开(公告)号：CN116189762A

公开(公告)日：2023-05-30

申请号：CN202310189155.3

申请日：2023-02-28

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  张少卿 ,  罗雯睿 ,  于红霞 ,  张效伟 ,  丑立本 ,  谭皓月 ,  郭婧

IPC: G16B20/00 ,  G16B40/00 ,  G16B50/00

Abstract: 本发明公开了一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用，属于内分泌干扰物高通量识别和筛查领域。本发明通过使用BORDA计数法整合了基因中心性、信息丰富度和冗余程度三个维度的证据得分，构建了特异性的内分泌干扰简化基因集，极大的减少了每个物质内分泌干扰筛查所需的测序深度，在降低测试成本的同时提高对内分泌干扰物的筛查通量，对我国和全球内分泌干扰相关新污染物的快速筛查、机制解析和有害结局的预测提供助力和支撑。

公开(公告)号：CN116052772A

公开(公告)日：2023-05-02

申请号：CN202310071460.2

申请日：2023-01-31

Applicant: 南京大学

Inventor： 郭婧 ,  张少卿 ,  史薇 ,  于红霞 ,  丑立本 ,  罗雯睿 ,  谭皓月 ,  徐珂凡

IPC: G16B25/10 ,  G16B50/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种干扰生物学通路的活性结构预测方法，通过构建包含细胞系、暴露时间、暴露浓度等明确标签的化合物生物学通路干扰数据库，通过累计超几何分布和累计伯努利分布评估训练集和测试集在生物学通路交叉程度和调控趋势的一致性，紧接着识别到训练集中一批潜在的化合物，进而以累积分布概率评估潜在化合物中分子描述符的出现频率，最终实现通过输入生物学通路预测驱动其变化的潜在活性结构。

公开(公告)号：CN112420122A

公开(公告)日：2021-02-26

申请号：CN202011216404.6

申请日：2020-11-04

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  张驰 ,  陈钦畅 ,  郭婧 ,  于红霞 ,  谭皓月

IPC: G16B5/00 ,  G06F30/20 ,  G16B15/00 ,  G16B40/00 ,  G06F111/04 ,  G06F119/14

Abstract: 本发明公开了一种内分泌干扰物与核受体作用的别构位点识别方法，属于计算毒理学领域。该方法首先获取并优化受体蛋白的晶体结构，构建并优化正构配体分子、非竞争性配体分子结构，然后，构建核受体‑正构配体分子复合体，并将非竞争性配体分子放置于远离核受体表面的位置，构建核受体‑正构配体分子‑非竞争性配体分子三元复合体，并对三元复合体进行分子动力学模拟；然后，进行全局搜索分子动力学模拟；将获取的分子运动轨迹进行位置聚类分析，根据非竞争性配体分子在模拟空间范围内的团簇分布进行团簇优先级排序，识别潜在的别构位点。本发明不受已知信息、初始蛋白构象和化合物种类的限制，能够对核受体表面潜在的别构位点进行高效准确识别。

公开(公告)号：CN109545289B

公开(公告)日：2020-10-16

申请号：CN201811597767.1

申请日：2018-12-25

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  谭皓月 ,  陈钦畅 ,  于红霞

IPC: G16C20/80 ,  G16C20/30 ,  G16C20/20

Abstract: 本发明的一种基于分级警示结构高通量筛查内分泌干扰物的方法，涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明利用子结构频率分析和子结构占比分析提取活性数据化合物的一级警示结构；利用SARpy软件对满足一级警示结构的化合物进行二级警示结构的提取；利用SARpy软件进行三级警示结构的提取；将一级警示结构和二级警示结构组合构成活性预测模块，在预测模块中先筛查出存在特征结构的化合物，再基于二级警示结构筛查出具有潜在内分泌干扰作用的警示化合物；将三级警示结构作为干扰活性预测模块，而后再基于干扰活性预测模块筛查干扰活性。本发明可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查。

公开(公告)号：CN109545289A

公开(公告)日：2019-03-29

申请号：CN201811597767.1

申请日：2018-12-25

Applicant: 南京大学

Inventor： 史薇 ,  谭皓月 ,  陈钦畅 ,  于红霞

IPC: G16C20/80 ,  G16C20/30 ,  G16C20/20

Abstract: 本发明的一种基于分级警示结构高通量筛查内分泌干扰物的方法，涉及内分泌干扰物的虚拟筛选与活性预测领域。本发明利用子结构频率分析和子结构占比分析提取活性数据化合物的一级警示结构；利用SARpy软件对满足一级警示结构的化合物进行二级警示结构的提取；利用SARpy软件进行三级警示结构的提取；将一级警示结构和二级警示结构组合构成活性预测模块，在预测模块中先筛查出存在特征结构的化合物，再基于二级警示结构筛查出具有潜在内分泌干扰作用的警示化合物；将三级警示结构作为干扰活性预测模块，而后再基于干扰活性预测模块筛查干扰活性。本发明可以对潜在核受体介导的内分泌干扰物进行高通量筛查。