公开(公告)号：CN110468179A

公开(公告)日：2019-11-19

申请号：CN201810440061.8

申请日：2018-05-10

Applicant: 北京大学

Inventor： 文路 ,  汤富酬 ,  任杰 ,  刘晓萌

IPC: C12Q1/6806

Abstract: 本发明涉及选择性扩增核酸序列的方法，该方法包括：a.提供在一端包含第一共同序列的多种不同的核酸分子，任选地，多种不同的核酸分子各自还包含与第一共同序列邻接的标签序列，b.将核酸分子与一种或多种引物T2杂交，一种或多种引物T2各自包含位于3’的外侧靶向序列，在聚合酶和核苷酸的存在下延伸引物T2，任选重复这样的杂交和延伸一次或多次，从而获得包含位于3’的第一共同序列互补序列的延伸链，任选地，在聚合酶和核苷酸的存在下使用针对第一共同序列互补序列的引物合成延伸互补链，c.修剪延伸链中的引物T2和任选延伸互补链中的引物T2的互补链，d.将第二共同序列连接至延伸链的5’端或延伸互补链的3’端，和e.任选地，扩增步骤d的产物。

公开(公告)号：CN119220637A

公开(公告)日：2024-12-31

申请号：CN202310772151.8

申请日：2023-06-28

Applicant: 北京大学

Inventor： 李文 ,  卢健森 ,  汤富酬 ,  文路

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  G16B5/00 ,  G16B20/20 ,  G16B20/10 ,  G16B30/00 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B40/00 ,  G16B40/30

Abstract: 本发明公开了用于单细胞染色体构象捕获中的三代测序用DNA分子的扩增方法及其装置。本发明的方法在制备单细胞三代测序的测序文库时，在Tn5转座酶的接头序列中添加条码序列以及在PCR扩增引物序列中添加条码序列，根据组合的条码序列区分不同的单细胞，对不同来源的DNA扩增产物混合达到了第三代测序平台对模板量的要求，可以实现对不同通量单细胞的需求进行单细胞三代Hi‑C的测序，结合配套的生物信息学分析方法，本发明的方法可实现单细胞三维基因组建模、单细胞的降维和聚类、单细胞的拷贝数变异、单细胞的结构变异鉴定、辅助单细胞组装和/或鉴定单细胞的染色质高阶相互作用，完成染色质和/或染色体构象捕获。

公开(公告)号：CN118421753A

公开(公告)日：2024-08-02

申请号：CN202310051186.2

申请日：2023-02-02

Applicant: 北京大学

Inventor： 白秀珍 ,  陈坷璇 ,  陈宗贵 ,  汤富酬 ,  文路

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/6883 ,  C40B50/06 ,  C40B40/02

Abstract: 本发明公开了一种基于三代长读长测序的Strand‑seq方法，可以得到较长的DNA片段长度、基因组覆盖度，实现不依赖于父母源SNP信息的染色体级别单倍型分型、结构变异检测，尤其是基因组串联重复区域、复杂区域的结构变异检测和分型，弥补了现有基于短读长测序方法在结构变异长度及基因组检测范围的明显缺陷。利用该方法也可以将遗传突变、结构变异事件、SNP连锁信息与表型和疾病关联，辅助临床医师进行个性化诊断和治疗。因此，本发明具有重要的应用价值。

公开(公告)号：CN117802209A

公开(公告)日：2024-04-02

申请号：CN202311170489.2

申请日：2023-09-12

Applicant: 北京大学

Inventor： 汤富酬 ,  胡玉琼 ,  蒋振寰 ,  陈坷璇 ,  文路

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 一种高灵敏度的检测染色质状态和基因组信息的方法，包括：染色质转座步骤，使用转座酶对一个或以上的细胞或细胞核的染色质进行转座从而获得基因组DNA片段，同时在片段两端加上标签；富集步骤，使用片段筛选或PCR扩增富集长度大于700核苷酸对的长片段DNA；测序步骤，用第三代测序平台对富集获得的长片段DNA进行测序；分析步骤，对测序得到的数据进行分析，同时获得染色质状态和基因组信息。相比现有ATAC‑seq技术所得数据局限于宽松的染色质开放区域(至少宽于数十核苷酸对的区域)信息，本发明通过测序长片段DNA，可在低至单个细胞的样本中同时获取包括杂合单核苷酸多态性、基因组结构、重复序列等基因组信息，以及较狭窄的染色质开放区域信息。

公开(公告)号：CN118308459A

公开(公告)日：2024-07-09

申请号：CN202310016423.1

申请日：2023-01-06

Applicant: 北京大学

Inventor： 陈坷璇 ,  白秀珍 ,  汤富酬 ,  文路

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C40B50/06

Abstract: 本发明公开了一种单细胞全基因组甲基化文库建库方法及其应用。本发明提供了一种新的单细胞全基因组甲基化测序技术。通过多个二代测序短片段reads的组合，获得了跨越长段染色质区域的，携带杂合位点信息的reads岛，据此区分内reads的单倍型。本发明的方法获得的文库中同管带相同转座酶复合体标签序列的基因组相邻reads，倾向于来源于同一DNA片段。通过对该片段上所有reads覆盖的杂合位点进行分析，可区分其单倍型。实现获得单细胞单倍型分辨度的全基因组甲基化信息。

公开(公告)号：CN113999901B

公开(公告)日：2023-07-21

申请号：CN202111263173.9

申请日：2021-10-28

Applicant: 中国医学科学院阜外医院 ,  北京大学

Inventor： 宋雷 ,  文路 ,  汤富酬 ,  王继征 ,  任杰 ,  姜琳

IPC: C12Q1/6883 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及心脏特异性游离DNA甲基化标志物及其在急性心肌梗死诊断中的用途。具体而言，本发明涉及用于检测CGI区域的正向引物和反向引物以及探针。本发明还涉及包含所述引物和探针的组合物、试剂盒。本发明利用MCTA‑Seq技术，鉴定出心脏特异性甲基化标志物，并开发了用于无创检测心脏损伤的ddPCR检测方法，能够通过血浆cfDNA有效地检测出急性心肌梗死。

公开(公告)号：CN104250663B

公开(公告)日：2017-09-15

申请号：CN201310259709.9

申请日：2013-06-27

Applicant: 北京大学

Inventor： 文路 ,  李静宜 ,  黄岩谊 ,  汤富酬

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/10 ,  C40B50/06

CPC classification number: C12Q1/6858 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2531/113

Abstract: 甲基化CpG岛的高通量测序检测方法，包括：用修饰剂处理DNA样品，将DNA样品中的胞嘧啶转换为尿嘧啶，而5’甲基胞嘧啶不变；所得片段用引物A和DNA聚合酶扩增，获得一端能够锚定接头引物C的片段；所得片段用引物B和DNA聚合酶扩增，获得富集甲基化CpG岛且两端能够分别锚定接头引物C和D的片段；所得片段用接头引物C、D和DNA聚合酶进行PCR指数扩增，获得扩增产物；扩增产物分离纯化，构成高通量测序文库、上机测序及数据分析。在高CpG频率引物对修饰剂转换的基因组DNA中的甲基化CpG岛进行富集性扩增的同时通过三步PCR反应将接头序列连接到待测目的片段，以富集甲基化CpG岛及构建高通量测序文库。