本发明公开了一种基于涡流效应的轨道检测方法及系统，属于轨道检测技术领域，通过实时检测轨道状态和道岔状态，生成轨道缺陷检测信号和道岔状态检测信号，并根据设定的分析规则分别对轨道缺陷检测信号和道岔状态检测信号进行分析得到轨道状态和道岔状态，并根据轨道状态和道岔状态生成轨道缺陷应急指令和道岔异常应急指令，列车针对应急指令做出相应的响应动作，基于涡流效应不仅可检测轨道表面及亚表面的损伤，还可对应变这类疲劳失效做检测，还能检测道岔尖轨与基本轨、翼轨和心轨的左右吻合度，判别转辙机是否正常工作，道岔转向是否完成，进而判别列车是否可直接通行，防止列车发生脱轨等安全事故，提高了列车运行的安全性。