本发明涉及一种混合式船舶尾气脱硫装置的控制方法及系统，属于设备控制技术领域。其中，该方法包括：获取船舶经纬坐标、禁排海域经纬坐标范围、海水碱度数据、海水深度数据、闭环脱硫装置参数、开环脱硫装置参数；根据船舶经纬坐标、禁排海域经纬坐标范围、海水碱度数据、海水深度数据通过判定模型计算得到判定结果；根据判定结果进行识别，根据识别结果进行相应操作；根据闭环脱硫装置参数、开环脱硫装置参数进行预处理与预测得到闭环脱硫效率预测结果和开环脱硫效率预测结果；根据闭环脱硫效率预测结果和开环脱硫效率预测结果确定执行策略。实现了混合式船舶尾气脱硫装置的合理调度，提高了尾气脱硫效率。