本发明涉及洁净室污染溯源技术领域，具体公开了一种基于新风系统过滤效率的污染物溯源方法，所述方法包括获取历史访客数据，根据所述历史访客数据确定预测访问表；获取历史污染数据，根据历史污染数据确定一天内各时刻的污染信息，基于污染信息和预测访问表确定污染交换量；定时获取新风系统的输入和输出的差异情况，根据所述差异情况确定新风系统中各过滤器的过滤效率；统计新风系统中各过滤器的过滤效率，基于过滤效率对各过滤器处的污染物类型及其浓度进行二维化处理；基于二维化处理结果执行溯源过程。本发明提供了一种双向溯源过程，基于新风系统的过滤效率，对洁净室及洁净室外部两个部分进行污染溯源，溯源范围极广。