本公开涉及一种环境污染物与健康效应的关联的识别及机制解析方法，包括以下步骤：S1.对于暴露于含有污染物环境中的个体，监测获得个体的污染物暴露浓度；S2.采集个体包括粪便样本、血液样本和唾液样本在内的生物样本，检测与健康相关的生物标志物；检测个体的功能性指标，包括呼吸系统、心血管系统和认知系统的功能性指标，根据检测结果获得个体的健康结局；S3.从人群健康角度建立污染物暴露浓度与健康结局、污染物暴露浓度和生物标志物之间的关联。通过对测试个体的粪便、血液、唾液等生物样本的检测能够获得更多种类的与健康相关的生物标志物，由此能够更完整和更系统的建立污染物暴露浓度与测试个体的健康结局和生物标志物之间的关联。