本发明公开一种基于水基工作介质的全海深液压模拟试验系统及方法，该系统包括动力介质压力补偿器用于提供工作循环所需水基工作介质及实现压力补偿功能；电机泵组与动力介质压力补偿器连通，用于建立系统工作压力及输送水基工作介质；控制阀箱包括介质输入口、第一工作口、第二工作口、回油口和补偿口，介质输入口与电机泵组的泵出口连通，回油口与动力介质压力补偿器连通，以及将水基工作介质从第一工作口或第二工作口输出；液压执行器与第一工作口和第二工作口连通，接收从第一工作口或第二工作口输入的水基工作介质并执行对应动作；静态压力补偿器与电机泵组的补偿口、控制阀箱的补偿口连通，用于对电机泵组、控制阀箱进行压力补偿。