本发明提供了一种用于构建半糯型粳稻品种DNA指纹图谱库的成套引物对，包括18对SNP四引物对和36对InDel引物对，18对SNP四引物对分别特异性检测18个水稻SNP位点SNPjs0001～SNPjs0018，36对InDel引物对分别特异性检测36个水稻InDel位点InDeljs0001～InDeljs0036。还提供了相关筛选方法和应用。本发明的用于构建半糯型粳稻品种DNA指纹图谱库的成套引物对能够用于构建半糯型粳稻品种DNA指纹图谱库，能够用于半糯型粳稻品种的真伪和纯度鉴定，设计巧妙，使用简便快捷，成本低，不受环境影响，适于大规模推广应用。