本发明提供了一种核壳比可控的结肠靶向凝胶微球及其制备和应用。所述凝胶微球由内向外依次包括核层、内壳层和外壳层；其中，所述核层包括谷物醇溶蛋白和活性物；所述内壳层包括凝胶多糖；所述外壳层包括壳聚糖、交联剂及助悬剂；所述内壳层和核层通过同轴静电喷雾技术形成核‑壳结构雾滴，于外壳层溶液中，核‑壳结构雾滴的内壳层凝胶多糖和交联剂交联，并与壳聚糖发生静电层层吸附，即制得所述结肠靶向凝胶微球。本发明凝胶微球粒径在100～600μm，核壳比为0.5～0.9，水溶性活性物的包封率高达60％，对醇溶性活性物的包封率高达90％，在胃部模拟液和小肠模拟液中1h和3h释放量最低可至10％和25％，可高效递送、靶向至结肠。