本发明公开了一种基于多模态病历图的相似病历检索方法及系统。该方法包括：获取目标病历和样本病历对应的病历图结构特征，病历图结构特征包括多个实体图结构特征，实体图结构特征包括两实体在病历关联关系拓扑图中的图关系特征和节点属性特征，病历关联关系拓扑图根据对应病历构建，病历关联关系拓扑图中的实体包括对应病历中的疾病、药物和手术，关联关系包括两实体间在对应病历中的医疗关系，节点属性特征包括实体的多维度属性特征。采用基于图神经网络的相似度计算模型计算目标病历对应的病历图结构特征与各样本病历对应的病历图结构特征的相似度。根据相似度，确定与目标病历相似的样本病历。本发明具有检索精度高的特点。