本发明提供了一种考虑反向温差的最大功率点追踪控制器及控制方法，属于热电转换、热能回收领域。所述最大功率点追踪控制器包括电源修正系统、混合智能最大功率点追踪模块和两相交错并联Boost变换电路，电源修正系统通过判断温差发电系统输出电压的正负值，控制温差发电系统输入到两相交错并联Boost变换电路上的电压恒为正向，在温差发电系统产生反向电压时依然能够准确追踪到最大功率点。所述最大功率点追踪控制方法将卡尔曼滤波器与模糊逻辑控制器相结合，有效的提升了最大功率点追踪控制器的动态追踪速度和稳态精度。本发明能够克服汽车怠速工况导致的传统追踪功率点追踪失效的问题，在相同汽车工况下实现更高效、更稳定的功率输出。