本发明属于食品加工技术领域，具体涉及一种含有豌豆肽的组合物及其制备方法和在食品中的应用。本发明提供的含有豌豆肽的组合物由复合谷物粉、豌豆肽粉、乳铁蛋白、益生元、复合维生素、单糖、食盐、莲藕淀粉和水制备而成。本发明提供的含有豌豆肽的组合物避免了食用豌豆肽所产生的的胀气、肠道消化吸收差等现象，同时还能够促进肠道蠕动，帮助肠道消化吸收，调节肠道健康，润肠通便，净化肠道，增强免疫力。此外，本发明提供的含有豌豆肽的组合物的制备方法简化了豌豆肽的生产制备工艺，降低了生产成本，有利于实现工业化生产。