本发明提供一种燃料电池停机吹扫的判定方法，包括如下步骤：步骤一、将燃料电池进行充分活化，确保电池性能稳定；步骤二、对燃料电池进行吹扫，吹扫过程中保持冷却系统开启，维持水温恒定；通过操控平台设定空气供给系统与氢气供给系统按500mA/cm2电流密度的操作条件供应气体，按50mA/cm2电流密度对燃料电池施加电流；步骤三、利用电压测试仪与阻抗测试仪实时监测吹扫过程电压与阻抗变化，验证电压与阻抗间的对应关系，利用电压值的变化作为燃料电池干湿状态的判断依据。本发明简单、实用、有效，通过实时监测到的电压值来判断电池吹扫过程的干湿状态，与现有技术相比，无需额外阻抗测试仪，易于实现，在实际车载燃料电池系统使用中具有很强的实用性。