本发明公开了一种变速箱装配方法及装配系统，该方法包括以下步骤：(1)将装配差速；(2)装配离壳，并将差速器油封安装到离壳内；(3)装配输入轴组件和中间轴组件，安装到离壳中；(4)在离壳合箱面涂胶；(5)将差速器油封安装到变壳中；(6)在总成装配线上将变壳安装到离壳上，利用螺栓锁紧，完成装配后变速箱成品移载下线；该系统包括总成装配线、差速器分装线、离壳分装线、输入轴/中间轴分装线和变壳分装线，总成装配线将差速器、离壳、输入轴组件、中间轴组件、变壳总装成变速箱成品。该方法采用串、并行混合工艺方案，工艺设置合理，优化了装配流程，提高了生产效率；装配系统自动化生产，能够有效控制产品质量并对追溯信息。