本发明公开了唐菖蒲伯克霍尔德氏菌实时荧光定量PCR（qRT-PCR）内参基因及其引物的筛选和应用。根据已获得的转录组分析结果及已报道的内参基因，初步筛选表达相对较为稳定的12个候选内参基因，基因名分别为：atpD、clpP、clpX、ftsZ、gyrB、lpxC、pyrG、recA、rpoB、rpoD、thyA和16S；针对上述候选基因，设计扩增引物，对唐菖蒲伯克霍尔德氏菌不同培养条件下（温度、培养基初始pH值、培养时间、不同浓度NaCl处理）的内参基因进行筛选，采用geNorm、NormFinder和Bestkeeper软件对qRT-PCR结果进行分析，最终筛选到在不同培养条件和NaCl处理条件下最稳定表达的内参基因。本发明有利于不同条件下唐菖蒲伯克霍尔德氏菌基因表达分析研究的稳定性和可靠性。