本发明公开了快长优质草鱼SNPs及其应用，本发明通过检测草鱼的三个SNP标记，SNP1位于草鱼基因SEQ ID NO.1第175位碱基、SNP2位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4139位碱基、SNP3位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4516位碱基。通过SNP位点的筛选，能够在相同养殖条件下快速获得体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼个体。本发明保证了检测结果的可靠性，无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性。本发明能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种，加快草鱼育种进程。