公开了一种三维存储器结构的制造方法，包括：形成CMOS电路，CMOS电路包括第一硅衬底以及位于第一硅衬底上的第一绝缘层，第一绝缘层中具有多个第一外部焊盘；形成贯穿第一绝缘层和第一硅衬底的硅通孔，硅通孔的第二端在第一硅衬底的底部暴露；在第一绝缘层上形成第一布线层，硅通孔的第一端与第一布线层连接，以及经由第一布线层与第一外部焊盘电连接；形成存储单元阵列，存储单元阵列包括第二硅衬底以及位于第二硅衬底上的第二绝缘层，第二绝缘层中具有多个第二外部焊盘和多个第二布线层；以及将CMOS电路和存储单元阵列键合成三维存储器结构。本发明实施例可以减少布线密度。