本发明公开了一种基于从运动恢复结构的飞行器位置确定方法。首先利用所述成像设备对航迹下地形连续成像，以获取运动序列图像；然后基于所述运动序列图像恢复实时三维地形图并获取实时三维地形图上各点在飞行器本体姿态坐标系下的空间三维坐标。其次将所述实时三维地形图上各点在飞行器本体姿态坐标系下的空间三维坐标转化到飞行器平行坐标系下。再次将所述实时三维地形图上各点在飞行器平行坐标系下的空间三维坐标转化到所述地面基准地形坐标系下，最后反向求解飞行器在所述地面基准地形坐标系下的位置。所述基于从运动恢复结构的飞行器位置确定方法可以低成本低能耗精准地测量飞行器的位置。