本发明涉及一种层状复合氢氧化物基DNA磁靶向转运系统，该系统以磁性层状复合氢氧化物MLDH为载体、以质粒DNA为客体、通过离子交换或共沉淀方法制备而成，具有MLDH-DNA插层组装式结构、良好的细胞传输性能及特殊应用价值。本发明使用兼具顺磁、插层组装及客体控制释放功能的新型载体MLDH，经低温共沉淀或离子交换将DNA插载于MLDH层间，通过LDH层板的静电作用与立体化学控制使DNA基团得到有效保护、转运及可控释放；通过MLDH-DNA-MLDH夹层保护克服了裸露于核酸酶及细胞浆弱酸环境中DNA的降解问题，显著提高核酸在转运途中的稳定性。本发明适用于裸基因片段及修复DNA片段的体内靶向转运系统的化学合成，具有方法先进、操作简易、成本低廉、产物功能集成度高等优点。