一种用于物料跟踪系统的故障诊断和容错控制方法及系统，该控制方法通过对采集的光栅实时信号进行质量分析，减少因光栅误信号导致的炉内物料跟踪混乱问题，实现炉内物料跟踪系统的故障诊断，对实际钢板位置直接补偿，实现物料跟踪系统的容错控制；故障诊断结果可以在人机界面上实时显示，紧急情况下可以越过所有环节直接对物料跟踪位置人工修改。本发明还对应提供了一种系统来实现该方法。本发明解决了由于光栅设备故障引起的不必要的物料跟踪信息混乱问题以及物料跟踪信息混乱后，只能人工调整无后续的自动补偿恢复机制的问题。