本发明涉及自动识别人体链状结构中特征点的方法及其系统，包括：步骤1，读取观测对象的人体链状结构模型，确定其中的刚体以及每个刚体上的特征点；步骤2，通过运动捕捉获得观测对象的运动图像的帧，以及各个帧的特征点集；步骤3，从帧中选择特征点数量大于等于人体链状结构模型中特征点数量的第一个帧为首帧；步骤4，对于每个刚体，从首帧的特征点中枚举出特征点组合，选择对应于刚体符合距离约束条件的特征点组合作为枚举结果；从枚举结果中选择一个特征点组合作为刚体的匹配对，对应于刚体中的特征点标识匹配对中的特征点。本发明能够从具有丢失的或错误的特征点的运动数据序列中，确定首帧并对首帧中特征点进行标注。