一种基于ExtraCellTalk的细胞通讯网络分析方法

    公开(公告)号:CN116013405A

    公开(公告)日:2023-04-25

    申请号:CN202310009310.9

    申请日:2023-01-04

    Abstract: 本发明提供一种基于ExtraCellTalk的细胞通讯网络分析方法,属于生物通讯技术领域,包括:获取受体细胞组织的细胞基因表达矩阵和受体细胞组织周围组织液的蛋白丰度矩阵和配体细胞组织的细胞基因表达矩阵;将受体细胞组织的细胞基因表达矩阵和受体细胞组织周围组织液的蛋白丰度矩阵输入ExtraCellTalk软件获得细胞外配体信号与受体组织细胞受体信号之间的相互作用关系对;将配体细胞组织的细胞基因表达矩阵和受体细胞组织周围组织液的蛋白丰度矩阵输入ExtraCellTalk软件获得细胞外配体信号与配体细胞组织之间的相互作用关系对;根据所述关系对获得配体来源细胞组织与受体细胞组织之间的通讯关系。

    一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法

    公开(公告)号:CN113096729A

    公开(公告)日:2021-07-09

    申请号:CN202110333465.9

    申请日:2021-03-29

    Abstract: 本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及一种基于circRNA位置信息预测RNA结合蛋白的方法。本发明基于circRNA染色体位置信息,得到circRNA同方向起始位置前100个碱基的染色体位置信息,然后在Linux系统上利用生物信息学软件bedtools获得circRNA同方向前侧位置序列,并进一步得到circRNA同方向前侧位置序列的motif;从已知数据库中下载已知蛋白质的motif的meme格式文件,将其与circRNA同方向前侧位置序列的motif进行比对、匹配,进而得到circRNA的RNA结合蛋白。该方法能够批量预测circRNA的RBP,不受数量和物种的限制。

Patent Agency Ranking