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公开(公告)号：CN106529552B
公开(公告)日：2019-11-08
申请号：CN201610958374.3
申请日：2016-11-03
Applicant: 中国海洋大学
Abstract: 本发明提供一种扇贝贝壳生长纹路的分割与识别方法，是在获得扇贝贝壳CT图像后，采用高斯核匹配滤波对其管状纹路匹配增强，再对增强后的图像进行迭代处理，通过每次迭代保留纹路的特性信息，获得的精细纹路被分割出来。本发明利用虾夷扇贝CT图像作为输入图像，采用高斯核匹配滤波对图像中管状纹路匹配增强，进行全变分模型图像二值化的图像分割，进而实现图像纹路网络中交叉点的识别，得到了大量扇贝生长点的信息，是进一步精确计算扇贝生长率的前提。相对传统定时测量的方法，本方法利用计算机分析可以实现简单快速测定和计算，具有精确度高、通量较大等优势，为今后开展贝类育种工作获得精确育种表型信息提供了基础。
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公开(公告)号：CN110343742A
公开(公告)日：2019-10-18
申请号：CN201910668292.9
申请日：2019-07-23
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的组织量低至5mg，操作简便快速，尤其适用于微量组织的高通量测序文库制备；利用该DNA样品制备的文库进行测序获得基因分型数据，分型准确性达99.94％。本发明DNA提取操作时间不超过30分钟，提取的DNA适用于大批量贝类微量样品的高通量测序文库的制备及后续全基因组分型分析。
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公开(公告)号：CN107058298B
公开(公告)日：2019-10-08
申请号：CN201710418179.6
申请日：2017-06-06
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标记的排序信息，实现scaffold的进一步组装或者Pacbio测序reads直接串联组装。本发明基于人工减数分裂的组装策略，具有实验操作简单、周期短、成本低等优点，能够在有限的人力物力条件下进行高覆盖率和准确率的基因组拼接，在基因组相对复杂并且高度杂合的物种中有更大的应用前景。
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公开(公告)号：CN109355282A
公开(公告)日：2019-02-19
申请号：CN201811307284.3
申请日：2018-11-05
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明目的是提供一种快速、高产率的贝壳DNA的提取方法，步骤如下：(1)用15％EDTA溶液浸没贝壳2h左右后，去离子水冲洗，37℃烘30min；(2)取贝壳2-5g，中通量组织研磨仪以1000r/min转速研磨1-2min，得到粉末样品，平均分装到2mL离心管中，加500μLEDTA，500μLSTE，60μL10％SDS，3.5μL浓度为20mg/mL的蛋白酶K，56℃旋转混匀裂解3h；(3)常温，12000rpm离心10min，取上清，加50μLNaAc和-20℃预冷的无水乙醇1mL，缓慢摇匀1-2min，-20℃沉淀40-50min；(4)4℃，12000rpm离心10min，得到DNA沉淀；(5)70％乙醇洗涤沉淀1-2次，沉淀干燥；(6)溶解沉淀，37℃消化2h去RNA。这种方法避免了有毒有机溶剂、酚等的使用，减少了DNA的损失量，简化了DNA提取的步骤和时间。
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公开(公告)号：CN108642060A
公开(公告)日：2018-10-12
申请号：CN201810542803.8
申请日：2018-05-30
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12N15/12 , C12Q1/6888
Abstract: 本发明的目的是提供一种LAS1基因在皂苷高产型海参选育中的应用，通过高效检测LAS1基因关键催化位点，以实现皂苷高产型海参的选育。本发明首先提供仿刺参LAS1基因，该基因编码的氨基酸序列为SEQ ID NO:1，其一种编码基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:2，上述刺参LAS1基因中的10个皂苷合成的关键催化位点，包含有LAS1蛋白氨基酸序列的第4位(L)、第5位(R)、87位(P)、104位(L)、214位(L)、249位(L)、434位(W)、441位(H)和531位(S)、648位(S)；本发明所提供的10个皂苷合成的关键催化位点可用在皂苷高产型刺参的选育中。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN107148928A
公开(公告)日：2017-09-12
申请号：CN201710361073.7
申请日：2017-05-19
Applicant: 中国海洋大学
IPC: A01K61/54
CPC classification number: Y02A40/822 , A01K61/54
Abstract: 本发明的目的在于提出一种切实可行的风向标扇贝与虾夷扇贝♀进行杂交培育出新的杂交扇贝培育方法。本发明基于虾夷扇贝(Patinopectenyessoensis)和风向标扇贝(Patinotectencaurinus)具有相似的生活习性(冷水性贝，纬度分布较为一致)和生物学特性(同属不同种)的理论基础和依据，在国内首次利用虾夷扇贝和风向标扇贝作为亲本进行杂交，建立一种虾夷扇贝♀与风向标扇贝杂交品种的培育方法。本发明对于解决目前虾夷扇贝种质退化、良种选育和品种改良的问题具有指导意义，也为扇贝的高质苗种培育提供技术支撑，有利于推动我国海水贝类的健康、可持续发展。
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公开(公告)号：CN104830993B
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201510307506.1
申请日：2015-06-08
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种高通量、多种类型分子标记通用的分型技术，属于分子生物学领域。采用5’末端生物素标记的杂交模板制备方法，可实现对有单核苷酸多态性，简单重复序列，插入缺失，拷贝数变异等包含不同类型分子标记的目标区域以及外显子、物种特异单拷贝区域等目标区域的捕获及基因分型，同时可兼顾等位基因定性分型和精确定量检测，将液相杂交技术的位点选择灵活性与高通量测序技术通量高、成本低的优势结合在一起。与现有分子标记分型技术相比，本发明解决了现有定点分子标记分型技术只能对单一分子标记进行分型，不能同时实现多种标记同时分型，无法对等位基因精确定量检测，随机标记或不标记的杂交模板制备局限性等问题。
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公开(公告)号：CN106529552A
公开(公告)日：2017-03-22
申请号：CN201610958374.3
申请日：2016-11-03
Applicant: 中国海洋大学
Abstract: 本发明提供一种扇贝贝壳生长纹路的分割与识别方法，是在获得扇贝贝壳CT图像后，采用高斯核匹配滤波对其管状纹路匹配增强，再对增强后的图像进行迭代处理，通过每次迭代保留纹路的特性信息，获得的精细纹路被分割出来。本发明利用虾夷扇贝CT图像作为输入图像，采用高斯核匹配滤波对图像中管状纹路匹配增强，进行全变分模型图像二值化的图像分割，进而实现图像纹路网络中交叉点的识别，得到了大量扇贝生长点的信息，是进一步精确计算扇贝生长率的前提。相对传统定时测量的方法，本方法利用计算机分析可以实现简单快速测定和计算，具有精确度高、通量较大等优势，为今后开展贝类育种工作获得精确育种表型信息提供了基础。
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公开(公告)号：CN105165701B
公开(公告)日：2016-05-18
申请号：CN201510625978.1
申请日：2015-09-27
Applicant: 中国海洋大学
Abstract: 本发明公开了一种调节海水酸度的海洋生物养殖装置，包括海洋生物养殖缸、酸化海水蓄水缸和计算机，养殖缸内设有pH探头，酸化海水蓄水缸内设有水位探头，pH探头和水位探头与计算机相连。养殖缸外部设有气泵，气泵通过橡胶管、气石向养殖缸通气；养殖缸内部安设有加热棒，内底放置有磁力搅拌器。蓄水缸内设有水泵I，水泵I与位于蓄水缸外部、提供海水的水泵II相连；水泵I与水管I相连，水管的另一端伸入海洋生物养殖缸内部；水泵I、水泵II均与计算机相连；蓄水缸内的海水中加入干冰进行调节酸度从而提供酸海水。本发明装置结构简单，操作方便，干冰运输和储存方便，成本低廉，海水pH值调节速度快且能长时间保持稳定。
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公开(公告)号：CN103555846B
公开(公告)日：2015-12-30
申请号：CN201310549040.7
申请日：2013-11-07
Applicant: 中国海洋大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2混合物与基因组DNA杂交获得杂交吸附产物；进行延伸连接反应获得目的DNA片段；通用引物一轮PCR扩增；对回收的目的片段进行Barcode特异性引物PCR扩增；高通量测序；分析得到SNP位点分型信息。本发明所述方法将液相杂交技术的位点选择灵活性和高通量测序技术通量高、成本低的优势结合在一起，在SNP的大规模筛查、全基因组关联分析、群体多样性评价、基因功能分析等研究领域具有重大的应用价值和广泛的推广前景。
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