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公开(公告)号:CN116469457A
公开(公告)日:2023-07-21
申请号:CN202310704181.5
申请日:2023-06-14
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了MHC与抗原多肽结合、呈递及免疫原性的预测模型训练方法和装置,属于生物信息及细胞免疫技术领域。本发明构建了抗原多肽分别与MHC‑I及MHC‑II的结合、呈递及免疫原性的多任务学习神经网络模型,能够利用从充足的结合和呈递数据集中学习到的特征来增强对数据量较少的免疫原性的学习,并能够通过同一模型同时得到抗原多肽与MHC的结合、呈递及免疫原性的预测结果,从而可以结合此三个免疫应答过程相互依赖的特点,对该抗原‑MHC分子对的重要生物意义产生综合判断。
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公开(公告)号:CN115019881B
公开(公告)日:2022-10-21
申请号:CN202210830132.1
申请日:2022-07-15
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了基于基因蛋白活性的小分子抗肿瘤效果鉴定方法及系统。方法包括:基于肿瘤细胞的基因表达数据,获取关键节点基因和从属基因,关键节点基因与多个从属基因存在相关关系,从属基因用于反映关键节点基因的蛋白活性;计算关键节点基因在小分子干扰前后的蛋白活性,获得对应小分子干扰前的蛋白活性的关键节点基因的蛋白活性静态图谱和小分子干扰后的蛋白活性的关键节点基因的蛋白活性变化图谱;比较变化图谱和静态图谱,基于Fisher精确性检验和多重检验校正确定小分子是否可以逆转肿瘤细胞的生理状态,并判断小分子对静态图谱的逆转效果及小分子的抗肿瘤效果,提高了推断小分子抗肿瘤效果的准确性与敏感性。
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公开(公告)号:CN114990202B
公开(公告)日:2022-09-30
申请号:CN202210903055.8
申请日:2022-07-29
Applicant: 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
IPC: C12Q1/6876 , C12Q1/6874 , C12N15/11 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点,各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间;各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基;以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%;且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律,同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度,能发现更多更全面的基因组异常情况,能处理染色体结构不变的基因组异常情况,更适用于中国人群,更加准确。
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公开(公告)号:CN114792574B
公开(公告)日:2022-09-06
申请号:CN202210717050.6
申请日:2022-06-23
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了基于图神经网络模型预测药物互作所致肝毒性的方法,包括建立基于图神经网络的预测药物互作所致肝毒性的深度学习模型,基于所述深度学习模型进行药物互作所致肝毒性预测,其中,利用基于图神经网络构建的药物分子编码器对两个药物分子编码,通过全连接神经网络预测出两个药物互作所致肝毒性分数,根据预测出的肝毒性分数,判断上述两个药物联用是否会导致肝毒性出现。本发明不仅在一定程度上减少了药物联用临床前毒性研究开发的资金与时间投入,同时还能准确预测出药物联用时的药物互作肝毒性,避免了患者因联用多种药物对肝造成的损伤,减少了在开发新的治疗方案时不必要的药物联用临床实验,提高了临床实验的成功率。
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公开(公告)号:CN114792574A
公开(公告)日:2022-07-26
申请号:CN202210717050.6
申请日:2022-06-23
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 本发明公开了基于图神经网络模型预测药物互作所致肝毒性的方法,包括建立基于图神经网络的预测药物互作所致肝毒性的深度学习模型,基于所述深度学习模型进行药物互作所致肝毒性预测,其中,利用基于图神经网络构建的药物分子编码器对两个药物分子编码,通过全连接神经网络预测出两个药物互作所致肝毒性分数,根据预测出的肝毒性分数,判断上述两个药物联用是否会导致肝毒性出现。本发明不仅在一定程度上减少了药物联用临床前毒性研究开发的资金与时间投入,同时还能准确预测出药物联用时的药物互作肝毒性,避免了患者因联用多种药物对肝造成的损伤,减少了在开发新的治疗方案时不必要的药物联用临床实验,提高了临床实验的成功率。
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公开(公告)号:CN114360743A
公开(公告)日:2022-04-15
申请号:CN202210257005.7
申请日:2022-03-16
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司 , 北京普康瑞仁医学检验所有限公司
Abstract: 一种药物作用后差异转录表达谱及药物适应症的预测方法,包括:建立预测药物作用后差异转录表达谱的深度学习模型;基于深度学习模型预测药物作用后差异转录表达谱,预测包括不同细胞系、扰动时长与药物剂量条件下的差异转录表达谱;以及将预测获得的药物作用后差异转录表达谱与已有药物的差异转录表达谱进行相似性比较,预测药物的适应症。还公开了对应的系统、电子设备以及可读存储介质,直接通过药物的分子信息,预测药物在不同种类细胞系、不同剂量、不同处理时间后的差异转录表达谱,一定程度上减少临床前开发的资金与时间投入,与已知适应症药物的表达谱进行相似度计算,选出潜在的适应症,减少不必要的临床实验,提高临床实验的成功率。
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公开(公告)号:CN114067907A
公开(公告)日:2022-02-18
申请号:CN202010758480.3
申请日:2020-07-31
Applicant: 普瑞基准生物医药(苏州)有限公司 , 普瑞基准科技(北京)有限公司
Abstract: 本发明提供了一种准确鉴定RNA病毒基因组变异的方法。所述方法基于二代测序技术,通过改造clean reads以及提供新的分析策略和流程,最大限度的减轻NGS测序引入的错误,实现RNA病毒基因组变异的准确检测。
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公开(公告)号:CN112795647A
公开(公告)日:2021-05-14
申请号:CN201911117303.0
申请日:2019-11-14
Applicant: 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) , 普瑞基准科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/12 , C07K14/47 , G01N33/574
Abstract: 本发明涉及一种肿瘤标志物及其应用,特别是C10orf71基因、C10orf71蛋白、C10orf71基因检测引物试剂盒中的至少一种在制备用于预测癌症患者对新辅助化疗的响应的产品中的应用。本发明首次确定了C10orf71基因突变为与肿瘤对新辅助化疗响应的关键分子特征,基于本发明的技术方案,新辅助化学疗法在改善预后以及在治疗开始之前确定响应性患者方面具有优势,因此可以制定更好的治疗方案。
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