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公开(公告)号：CN105695572A
公开(公告)日：2016-06-22
申请号：CN201610072778.2
申请日：2016-02-02
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
Abstract: 本发明公开了一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。该方法提高分子标记开发的效率，且开发的SSR分子标记能高效应用于遗传学、增殖放流评估等方面的研究。
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公开(公告)号：CN118064599B
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410081236.6
申请日：2024-01-19
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所 , 珠海市现代农业发展中心
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与黄鳍棘鲷速生性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端开始的第200位的碱基N为A或G，其中AG或GG基因型个体比AA基因型个体生长速度更快，还公开了检测与黄鳍棘鲷速生性状相关的SNP分子标记的引物及含有所述引物的试剂盒，以及检测上述SNP分子标记的试剂、引物、试剂盒或方法在鉴定具有速生能力的黄鳍棘鲷中的应用、在筛选具有速生能力的黄鳍棘鲷中的应用以及在黄鳍棘鲷速生优良品种早期筛选中的应用。本发明可以对黄鳍棘鲷育种材料进行早期选择，有效提高了选育具有速生性状黄鳍棘鲷品种的效率和准确性。
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公开(公告)号：CN118048463A
公开(公告)日：2024-05-17
申请号：CN202410198416.2
申请日：2024-02-22
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与黄鳍棘鲷抗海豚链球菌病相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于黄鳍棘鲷第19号染色体上，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，所述SEQ ID NO.1所示序列自5’端开始的第201位的碱基N为T或G，还公开了一种检测所述SNP分子标记的引物、包含所述引物的试剂盒以及利用所述引物检测黄鳍棘鲷对海豚链球菌抗感性状的方法，还公开了检测上述SNP分子标记的试剂、上述引物、试剂盒或方法在鉴定抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用、在筛选具有抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用以及在黄鳍棘鲷抗海豚链球菌优良品种早期筛选中的应用。
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公开(公告)号：CN116287300B
公开(公告)日：2023-12-12
申请号：CN202310144302.5
申请日：2023-02-21
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11 , C12Q1/6858 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了一种黄鳍棘鲷抗海豚链球菌病SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1所示序列自5’端开始的第201位的碱基N为T或G，还公开了一种用于扩增所述SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或上述引物在鉴定抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用，以及在筛选具有抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用和在黄鳍棘鲷抗海豚链球菌优良品种早期筛选中的应用，本发明可以对黄鳍棘鲷育种材料进行早期选择，有效提高了选育具有抗海豚链球菌黄鳍棘鲷品种的效率和准确性。
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公开(公告)号：CN116287300A
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN202310144302.5
申请日：2023-02-21
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11 , C12Q1/6858 , G16B20/30
Abstract: 本发明公开了一种黄鳍棘鲷抗海豚链球菌病SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1所示序列自5’端开始的第201位的碱基N为T或G，还公开了一种用于扩增所述SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或上述引物在鉴定抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用，以及在筛选具有抗海豚链球菌能力的黄鳍棘鲷中的应用和在黄鳍棘鲷抗海豚链球菌优良品种早期筛选中的应用，本发明可以对黄鳍棘鲷育种材料进行早期选择，有效提高了选育具有抗海豚链球菌黄鳍棘鲷品种的效率和准确性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115011701A
公开(公告)日：2022-09-06
申请号：CN202210434077.4
申请日：2022-04-24
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记，该SNP分子标记由卵形鲳鲹LAAO基因中克隆得到，位于LAAO基因外显子中，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的6499位和6535位碱基处分别存在两个等位基因突变(C/T)和(G/A)，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或引物在鉴别或选育抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。本发明筛选的分子标记对卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病性状进行了关联分析，本发明的两个标记可应用于以抗病性状为目标的卵形鲳鲹育种材料早期筛选，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限。
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公开(公告)号：CN113151492B
公开(公告)日：2022-04-12
申请号：CN202110313332.5
申请日：2021-03-24
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12Q1/6809 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与卵形鲳鲹耐低氧性状相关的SNP分子标记，该SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，SEQ ID NO.1所示序列自5’端开始第121位碱基是C或G，当SEQ ID NO.1上第121为核苷酸为G时，卵形鲳鲹在低氧胁迫下有更长的存活时间，还公开了用于检测所述的SNP分子标记的引物对和包括所述引物对的试剂盒，以及对低氧处理后的卵形鲳鲹进行全基因组重测序分型，通过全基因组关联分析得到一个SNP分子标记，本发明可以对卵形鲳鲹育种材料进行早期选择，有效提高了选育具有耐低氧性状的卵形鲳鲹的效率和准确性。本发明为卵形鲳鲹耐低氧性状的分子标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。
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公开(公告)号：CN113667764A
公开(公告)日：2021-11-19
申请号：CN202111129290.6
申请日：2021-09-26
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病相关性状的SNP分子标记，该SNP分子标记由卵形鲳鲹LAAO基因中克隆得到，位于LAAO基因外显子中，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的6200位和6237位碱基处分别存在两个等位基因突变(C/T)和(G/A)，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或引物在鉴别或选育抗刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。本发明筛选的分子标记对卵形鲳鲹抗刺激隐核虫病性状进行了关联分析，本发明的两个标记可应用于以抗病性状为目标的卵形鲳鲹育种材料早期筛选，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限。
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公开(公告)号：CN113278623A
公开(公告)日：2021-08-20
申请号：CN202110477820.X
申请日：2021-04-29
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所 , 南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)
IPC: C12N15/12 , C12N15/11 , C12Q1/6888 , C12Q1/6879
Abstract: 本发明公开了一种卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1，所述基因Hsd17b1的碱基序列如SEQ ID NO：1所示。还公开了一种与卵形鲳鲹性别相关的SNP位点，所述SNP位点位于上述卵形鲳鲹性别决定基因的第393位，其碱基为G或A。还进一步公开了上述卵形鲳鲹性别决定基因Hsd17b1或上述的SNP位点在卵形鲳鲹性别鉴定方面的应用。以及一种卵形鲳鲹性别鉴定的方法，本发明提高了适用性，降低了成本，提高了准确性，实现了在普通实验室实现任意群体来源的卵形鲳鲹性别的低成本批量检测。
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公开(公告)号：CN113186299A
公开(公告)日：2021-07-30
申请号：CN202110447976.3
申请日：2021-04-25
Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了卵形鲳鲹刺激隐核虫病关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于RAC3基因组如SEQ ID NO：1所示的碱基序列自5’端起的第4116位，其碱基分别为G或T，还公开了用于扩增SNP分子标记的引物，以及上述SNP分子标记或引物在鉴别或选育不易感刺激隐核虫病卵形鲳鲹品种方面的应用。本发明通过检测卵形鲳鲹SNP4116位点基因型，就能够有效地明确该个体是否易感染刺激隐核虫病，在早期候选亲本中淘汰掉TG基因型个体有利于提高后代抗刺激隐核虫病的能力，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限。
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