玉米茎秆穿刺强度基因ZmFLS2及其分子标记的应用

    公开(公告)号:CN114196685A

    公开(公告)日:2022-03-18

    申请号:CN202111575000.0

    申请日:2021-12-21

    Applicant: 扬州大学

    Abstract: 本发明公开了一种玉米茎秆穿刺强度基因ZmFLS2及其分子标记的应用,属于分子生物领域,该玉米ZmFLS2基因具有调控玉米茎秆穿刺强度的作用,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,位于S5_210155797上游91bp处,其SNP分子标记位于玉米ZmFLS2基因的‑397bp处,该处碱基为G或A。本发明通过全基因组关联分析(GWAS)技术方法,在玉米基因组中筛选到与茎秆穿刺强度性状相关基因ZmFLS2,该基因对调控玉米茎秆强度起到非常关键的作用,这一发现可能有助于阐明茎秆强度的遗传基础;此外,已鉴定的候选基因和变异具有潜在的育种价值,可用于分子标记辅助选择育种改良玉米抗倒性。

    玉米糯性基因的KASP分子标记的开发方法及应用

    公开(公告)号:CN113528696A

    公开(公告)日:2021-10-22

    申请号:CN202110703223.4

    申请日:2021-06-24

    Applicant: 扬州大学

    Abstract: 本发明公开了玉米糯性基因的KASP分子标记的开发方法及应用,属于生物技术领域。它包括KASP通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果,可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比,KASP标记具有检测快速,成本低,易于规模化应用等特点,KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型,能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐,低通量,价格又较贵的检测方法,更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此,开发低成本、适合于高通量分子检测平台的玉米糯性基因KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用、提高我国糯玉米的育种效率和育种水平具有重要意义。

    基于自动编码器样本匹配的缺失基因型填充方法

    公开(公告)号:CN117637021A

    公开(公告)日:2024-03-01

    申请号:CN202311691018.6

    申请日:2023-12-11

    Applicant: 扬州大学

    Abstract: 本发明提供了一种基于自动编码器样本匹配的缺失基因型填充方法,实现了对缺失基因型的低成本精确填充,能够为各种遗传分析工作提供更为准确的基因数据支撑。本发明将目标数据文件中每个位置上样本的基因型信息数值进行转换并最终编码为独热编码,划分训练集和测试集,继而构建卷积去噪自编码器模型。本发明使用自动预处理策略,将参与填充的样本数据集进行分段处理,降低了装置内存占用,使得用户仅使用较低成本的装置就可以顺利进行高精度的基因型填充。本发明填充精度高,模型结构简单可靠,训练效率高,在基因序列分析领域具有广阔的应用前景,可用于后续的生物全基因组关联分析和全基因组选择工作。

    一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用

    公开(公告)号:CN116863998A

    公开(公告)日:2023-10-10

    申请号:CN202310741264.1

    申请日:2023-06-21

    Applicant: 扬州大学

    Abstract: 本发明属于生物信息领域,涉及一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用,采用基因组最佳线性无偏估计模型来预测个体的育种值,包括以下步骤:获取待预测作物的分子标记;从中重复地随机选择一定比例的分子标记子集供遗传算法初始化,并构建基因组预测模型,计算不同分子标记子集的适合度,保留适合度较高的分子标记子集,将保留的分子标记子集以一定的比率进行突变、配对、交叉互换,产生新的分子标记子集;再次计算不同分子标记子集的适合度函数,保留适合度较高的分子标记子集,直到达到最大迭代次数或者收敛,得到最终的分子标记子集并构建基因组最佳线性无偏估计模型用于全基因组预测。本发明方法可用于提高杂交种全基因组选择的准确性,可以为杂交种的精准选育提供重要的技术支撑。

    玉米耐旱基因位点的开发方法及应用

    公开(公告)号:CN116574840A

    公开(公告)日:2023-08-11

    申请号:CN202310758749.1

    申请日:2023-06-26

    Applicant: 扬州大学

    Abstract: 本发明公开了一种玉米耐旱基因位点的开发方法及应用,属于基因组序列及植物生物技术领域。它包括检测待测玉米的基因型,根据基因型结果鉴定或辅助鉴定耐旱;ZmReDroSNP0201492位点是玉米基因组中的一个SNP位点,其核苷酸种类为A或T,为序列表中SEQ ID No.1的第71位核苷酸;ZmReDroSNP1038761位点是玉米基因组中的一个SNP位点,其核苷酸种类为G或C,为序列表中SEQ ID No.2的第71位核苷酸。本发明开发了新的玉米耐旱基因位点,并利用KASP分型技术对耐旱基因位点进行快速基因分型,可用于玉米分子标记辅助育种。分子标记辅助玉米进行耐旱性选育,选择效率高、周期短,可在苗期进行定向基因型选择,淘汰大量不耐旱的材料,降低育种成本,提高育种效率。

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