公开(公告)号：CN113789396A

公开(公告)日：2021-12-14

申请号：CN202111078574.7

申请日：2021-09-15

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 杨蕙沁 ,  胥丰恺 ,  金星 ,  程涛 ,  张欢 ,  詹成 ,  古杰 ,  葛棣

IPC: C12Q1/689 ,  G16B40/00 ,  G16H50/70 ,  G16H50/20 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种用于检测食管癌患者特定肠道菌群占比的基因组合物及其应用。本发明的基因组合物包括基因SNX3、AKIRIN2、TMEM87B、STEAP3、PPME1、LGALS7B、ARFRP1、STX11、RP11‑295P9.3和RP11‑434D12.1。本发明运用LASSO回归(套索回归)和二分类Logistic回归筛选与肠道菌群占比相关的基因，并构建评分Score，通过ROC曲线分析得到食管癌中对应评分的截断值，可用于食管癌患者相关肠道菌群的占比的推测。本发明基于基因组合物构建的评分模型经验证，具有准确性高，特异性好的优点，有很好的应用前景。

公开(公告)号：CN116334229A

公开(公告)日：2023-06-27

申请号：CN202310431266.0

申请日：2023-04-20

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 程涛 ,  杨蕙沁 ,  黄小龙 ,  胥丰恺 ,  古杰 ,  詹成 ,  葛棣

IPC: C12Q1/6886 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6851

Abstract: 本发明公开了一种用于评估食管癌患者Toll样受体相关基因评分和预后的试剂盒。本发明试剂盒包括用于检测基因CD36、LGR4、MAP2K3、NINJ1、PIK3R1和TRAF3的试剂，本发明首先基于生物信息学分析，得到了通过检测食管癌患者基因以评估Toll样受体相关基因评分的方法显著相关的6个基因，并基于这6个基因构建了相应的评分模型，通过ROC曲线获得了评分截断值，该评分模型用于评估实际患者的预后情况显示出良好的准确性，因此，本发明的试剂盒可通过临床上已广泛应用的RNA测序技术判定食管癌患者肿瘤组织的基因序列，并通过测序结果计算基因的表达量，具有经济实惠，准确性高、灵敏度和特异性好的优点。

公开(公告)号：CN113789396B

公开(公告)日：2024-01-23

申请号：CN202111078574.7

申请日：2021-09-15

Applicant: 复旦大学附属中山医院

Inventor： 杨蕙沁 ,  胥丰恺 ,  金星 ,  程涛 ,  张欢 ,  詹成 ,  古杰 ,  葛棣

IPC: C12Q1/689 ,  G16B40/00 ,  G16H50/70 ,  G16H50/20 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种用于检测食管癌患者特定肠道菌群占比的基因组合物及其应用。本发明的基因组合物包括基因SNX3、AKIRIN2、TMEM87B、STEAP3、PPME1、LGALS7B、ARFRP1、STX11、RP11‑295P9.3和RP11‑434D12.1。本发明运用LASSO回归(套索回归)和二分类Logistic回归筛选与肠道菌群占比相关的基因，并构建评分Score，通过ROC曲线分析得到食管癌中对应评分的截断值，可用于食管癌患者相关肠道菌群的占比的推测。本发明基于基因组合物构建的评分模型经验证，具有准确性高，特异性好的优点，有很好的应用前景。