公开(公告)号：CN118824360A

公开(公告)日：2024-10-22

申请号：CN202410829161.5

申请日：2024-06-25

Applicant: 哈尔滨工业大学

Inventor： 汪国华 ,  胡恒 ,  姜涛

IPC: G16B20/20 ,  G16B20/30 ,  G06F18/213 ,  G06F18/23 ,  G06F18/214 ,  G06F18/243 ,  G06N5/01 ,  G06N20/00 ,  G06N3/0464 ,  G16B40/00

Abstract: 一种基于长读测序数据和假阳性过滤模型的基因组结构变异检测方法，它属于生物信息领域。本发明解决了现有方法对长读测序数据中SV检测的准确率低的问题。本发明以个体长读测序数据作为输入，通过与参考基因组的比对初步获得SV信号，再将随机森林网络和卷积神经网络作为假阳性过滤模型，并重新设计SV信号的聚类方法，从初步获得的SV信号中过滤掉假阳性SV信号，可以有效降低假阳性事件的调用可能性，具备快速、准确地检测来自多种长读测序平台和各类SV信号的能力。本发明方法可以应用于长读测序数据的基因组结构变异检测。

公开(公告)号：CN120072035A

公开(公告)日：2025-05-30

申请号：CN202510145037.1

申请日：2025-02-10

Applicant: 哈尔滨工业大学

Inventor： 杨强 ,  李晓坤 ,  徐龙 ,  董潍赫 ,  骆功宁 ,  汪国华

IPC: G16B15/30 ,  G16B20/50 ,  G16B20/20 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08 ,  G06N3/0455

Abstract: 基于新抗原质量的免疫检查点阻断响应预测方法，涉及计算生物学与生物信息技术领域。解决了现有免疫检查点阻断(ICB)响应预测方法的适用范围小及准确性低的问题。本发明方法包括获取受试者的临床数据与肿瘤组织的全外显子数据；对所述肿瘤组织的全外显子数据进行预处理，结合临床数据得到训练数据集；免疫检查点阻断响应预测模型根据训练数据集中各训练样本的输入数据，预测受试者的临床响应数据，根据预测效果，确定模型的最佳预测阈值；利用最佳预测阈值NCutoff下的免疫检查点阻断响应预测模型，预测当前待受试者的临床响应数据。本发明主要用于对ICB响应预测。

公开(公告)号：CN120072041A

公开(公告)日：2025-05-30

申请号：CN202510149879.4

申请日：2025-02-11

Applicant: 哈尔滨工业大学

Inventor： 徐龙 ,  李晓坤 ,  杨强 ,  董潍赫 ,  王宽全 ,  骆功宁 ,  汪国华

IPC: G16B20/00 ,  G16B40/20 ,  G06F18/241 ,  G06F18/21 ,  G06F18/25 ,  G06N3/0455 ,  G06N3/048

Abstract: 基于进化尺度模型的抗原免疫原性预测方法及系统，涉及计算生物学技术领域。本发明是为了解决现有抗原免疫原性预测方法难以充分对复杂蛋白质序列的深度特征实现表征，进而影响最终预测结果的稳定性和准确性的问题。本发明利用进化尺度模型对被测免疫原性数据进行特征编码，生成被测免疫原性数据的特征矩阵，所述被测免疫原性数据包括：T细胞抗原受体序列、I类人类白细胞抗原序列和抗原肽段序列；通过双线性注意力网络将所述特征矩阵融合为联合特征表示矩阵，并输入至抗原免疫原性预测模型，完成抗原免疫原性的预测。