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公开(公告)号：CN115641911B
公开(公告)日：2023-05-23
申请号：CN202211280417.9
申请日：2022-10-19
Applicant: 哈尔滨工业大学
Abstract: 一种针对序列间重叠检测的方法，具体涉及一种基于第三代测序技术ONT数据的序列间重叠检测的方法，本发明为了解决第三代测序技术在重叠检测时是全部序列进行比对，导致比对速度慢、内存消耗大，且第三代测序技术具有较高的错误率，产生的序列间重叠检测结果准确率不高，可靠性低的问题，它首先将获取的测序序列分为种子序列和映射序列；再构建种子序列的二级哈希索引表；计算种子序列的过滤阈值；最终利用种子序列的二级哈希索引表和过滤阈值将种子序列和映射序列进行比对，得到种子序列和映射序列的重叠信息，再以迭代的方式在每轮迭代开始时重新选取种子序列和映射序列，并重复上述操作，得到测序序列的重叠信息。属于序列重叠检测领域。
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公开(公告)号：CN115641911A
公开(公告)日：2023-01-24
申请号：CN202211280417.9
申请日：2022-10-19
Applicant: 哈尔滨工业大学
Abstract: 一种针对序列间重叠检测的方法，具体涉及一种基于第三代测序技术ONT数据的序列间重叠检测的方法，本发明为了解决第三代测序技术在重叠检测时是全部序列进行比对，导致比对速度慢、内存消耗大，且第三代测序技术具有较高的错误率，产生的序列间重叠检测结果准确率不高，可靠性低的问题，它首先将获取的测序序列分为种子序列和映射序列；再构建种子序列的二级哈希索引表；计算种子序列的过滤阈值；最终利用种子序列的二级哈希索引表和过滤阈值将种子序列和映射序列进行比对，得到种子序列和映射序列的重叠信息，再以迭代的方式在每轮迭代开始时重新选取种子序列和映射序列，并重复上述操作，得到测序序列的重叠信息。属于序列重叠检测领域。
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