公开(公告)号：CN115458061B

公开(公告)日：2024-01-23

申请号：CN202211258086.9

申请日：2022-10-13

Applicant: 南开大学

Inventor： 卫金茂 ,  孙畅 ,  李燕飞 ,  刘健

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16C20/50 ,  G06N3/0442 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08

Abstract: 本申请公开了一种药物‑蛋白质相互作用预测方法及系统，其中，方法包括：收集药物‑蛋白质相互作用预测的数据集；对数据集进行预处理，得到处理后数据；基于处理后数据，进行蛋白质序列编码，提取蛋白质特征；基于蛋白特征，同时对药物和蛋白质的分子机制进行编码，得到第一编码结果；基于处理后数据，将药物和蛋白质的临床信息编码在一起，得到第二编码结果；根据第一编码结果和第二编码结果，计算药物‑蛋白质对的相互作用概率。本申请同时考虑了药物和蛋白质的化学属性、分子机制和临床功能；将药物和蛋白质的原始特征投影到了共同的嵌入子空间中；通过分析药物和蛋白质的特征的一致

公开(公告)号：CN115458061A

公开(公告)日：2022-12-09

申请号：CN202211258086.9

申请日：2022-10-13

Applicant: 南开大学

Inventor： 卫金茂 ,  孙畅 ,  李燕飞 ,  刘健

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  G16C20/50 ,  G06N3/04 ,  G06N3/08

Abstract: 本申请公开了一种药物‑蛋白质相互作用预测方法及系统，其中，方法包括：收集药物‑蛋白质相互作用预测的数据集；对数据集进行预处理，得到处理后数据；基于处理后数据，进行蛋白质序列编码，提取蛋白质特征；基于蛋白特征，同时对药物和蛋白质的分子机制进行编码，得到第一编码结果；基于处理后数据，将药物和蛋白质的临床信息编码在一起，得到第二编码结果；根据第一编码结果和第二编码结果，计算药物‑蛋白质对的相互作用概率。本申请同时考虑了药物和蛋白质的化学属性、分子机制和临床功能；将药物和蛋白质的原始特征投影到了共同的嵌入子空间中；通过分析药物和蛋白质的特征的一致性，探究药物与蛋白质的作用机制。

公开(公告)号：CN113345535A

公开(公告)日：2021-09-03

申请号：CN202110626082.0

申请日：2021-06-04

Applicant: 南开大学

Inventor： 卫金茂 ,  刘健 ,  孙畅

IPC: G16C20/50

Abstract: 本发明提供一种保持药物化学性质与功能一致性的药物靶标预测方法及系统，属于计算机辅助药物研发技术领域，获取待预测的药物的化学指纹；利用训练好的特征选择模型，对药物的化学指纹进行处理，得到药物与靶标的相互作用评分矩阵；基于药物与靶标的相互作用评分矩阵，将评分最高的对应靶标，作为该药物的作用靶标。本发明同时考虑药物的化学属性和临床功能，预测药物的可能靶标；将药物的特征向量先投影到蛋白空间，再投影到疾病空间，将药物‑靶标相互作用预测任务由传统单标签分类任务改为了多标签任务，考虑了药物与蛋白质之间复杂的容斥关系；通过保持药物化学相似性、功能相似性的一致性，保持了药物化学性质、分子机制与临床功能的一致性。