公开(公告)号：CN111584011A

公开(公告)日：2020-08-25

申请号：CN202010278219.3

申请日：2020-04-10

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  刘万奇 ,  臧大伟 ,  陈灿 ,  孙凝晖

IPC: G16B50/00 ,  G16B50/50 ,  G16B30/10 ,  G06F12/0877 ,  G06F12/0862 ,  G06F9/30

Abstract: 本发明提出一种面向基因比对的细粒度并行负载特征抽取分析方法及系统。本发明抽取的这些负载特征着眼于设计细节，以较细的粒度来分析基因比对的应用，从而使得加速器的结构更具有针对性、效率更高。很多加速器设计均着眼于应用的整体层面，着重刻画应用的“粗粒度”的特征，而定制结构的设计最终还是要落在细节上。此外，这些细粒度的负载特征常常出现在多个基准程序或者应用软件中，本文对这些“共性”部分进行归纳和抽象，对并行模式相同的特征给出统一的设计方案指导，提升了结构设计方法的通用性。

公开(公告)号：CN111584011B

公开(公告)日：2023-08-29

申请号：CN202010278219.3

申请日：2020-04-10

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  刘万奇 ,  臧大伟 ,  陈灿 ,  孙凝晖

IPC: G16B50/00 ,  G16B50/50 ,  G16B30/10 ,  G06F12/0877 ,  G06F12/0862 ,  G06F9/30

Abstract: 本发明提出一种面向基因比对的细粒度并行负载特征抽取分析方法及系统。本发明抽取的这些负载特征着眼于设计细节，以较细的粒度来分析基因比对的应用，从而使得加速器的结构更具有针对性、效率更高。很多加速器设计均着眼于应用的整体层面，着重刻画应用的“粗粒度”的特征，而定制结构的设计最终还是要落在细节上。此外，这些细粒度的负载特征常常出现在多个基准程序或者应用软件中，本文对这些“共性”部分进行归纳和抽象，对并行模式相同的特征给出统一的设计方案指导，提升了结构设计方法的通用性。

公开(公告)号：CN111863139B

公开(公告)日：2022-10-18

申请号：CN202010278048.4

申请日：2020-04-10

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  刘万奇 ,  臧大伟 ,  孙凝晖 ,  陈灿

IPC: G16B50/00 ,  G16B50/50 ,  G16B30/10 ,  G06F15/78

Abstract: 本发明提出一种基于近内存计算结构的基因比对加速方法和系统，包括：将多个垂直的立方内存结构分组，得到多个基因比对处理组；获取参考序列数据，将参考序列数据拆分为参考数据段后分别存储至基因比对处理组，并且通过基因比对加速器的片上网络实现立方内存结构之间数据通信；获取待比对基因序列数据，将待比对基因序列数据拆分为待比对数据段后分别输入至基因比对处理组内各立方内存结构的逻辑层，逻辑层判断与当前待比对数据段比对的参考数据段是否位于本地存储层，若是，则从本地存储层获取参考数据段，与当前待比对数据段进行基因比对，得到比对结果，否则采用函数式消息传递和远端处理的方式得到比对结果。

公开(公告)号：CN111863139A

公开(公告)日：2020-10-30

申请号：CN202010278048.4

申请日：2020-04-10

Applicant: 中国科学院计算技术研究所

Inventor： 谭光明 ,  刘万奇 ,  臧大伟 ,  孙凝晖 ,  陈灿

IPC: G16B50/00 ,  G16B50/50 ,  G16B30/10 ,  G06F15/78

Abstract: 本发明提出一种基于近内存计算结构的基因比对加速方法和系统，包括：将多个垂直的立方内存结构分组，得到多个基因比对处理组；获取参考序列数据，将参考序列数据拆分为参考数据段后分别存储至基因比对处理组，并且通过基因比对加速器的片上网络实现立方内存结构之间数据通信；获取待比对基因序列数据，将待比对基因序列数据拆分为待比对数据段后分别输入至基因比对处理组内各立方内存结构的逻辑层，逻辑层判断与当前待比对数据段比对的参考数据段是否位于本地存储层，若是，则从本地存储层获取参考数据段，与当前待比对数据段进行基因比对，得到比对结果，否则采用函数式消息传递和远端处理的方式得到比对结果。