本申请公开了一种基于直流远供并联装置的电能质量治理方法及系统，其中方法包括：采集线路末端监测点的线路运行数据；根据所述线路运行数据，通过直流远供并联装置输出第一电流，直至所述末端电压高于预设的电压阈值下限或所述谐波电流低于预设的谐波额定值；当所述末端电压高于预设的电压阈值上限时，对直流远供并联装置的储能装置进行充电操作，直至所述末端电压低于所述电压阈值上限。本申请根据不同工况，采用直流远供并联装置输出电流进行谐波治理，来维持末端电压稳定来提升电能质量，实现输电线路运行稳定性。