本发明属于生物医学检测领域，具体为一种基于声学微流控的生物微粒自旋排列装置及方法，解决了各现有技术目前均无法高效、精准且无损伤的操控生物微粒的技术问题。该装置包括压电基底、第一叉指电极、第二叉指电极和PDMS微流道芯片；在PDMS微流道芯片接入微流体：对微流体进行观测；将无相位差交流信号同时输入第一叉指电极与第二叉指电极，使排列区域内的生物微粒在形成二维图案；单通道输入信号经过高速四象限信号发生电路产生相位差为90°的四通道输出信号，第一叉指电极与第二叉指电极根据调控参数调整相位差，在生物微粒排列的声压节点处产生相位跃迁，使自旋区域内的生物微粒自旋。该方法及装置能够对生物微粒进行高精度、低难度、低成本调控。