本发明公开了一种水下混凝土导管堵管处理的施工方法，包括如下步骤：S1：当水下混凝土导管堵管后，拔除堵塞的混凝土导管；S2：拔除堵塞的混凝土导管后，采用全套管回转设备钻进钢套筒；S3：二次下放导管：在钢套筒的保护下二次下放导管，下放至钢套筒底部后测量标高，达到设定要求后进行混凝土灌注；S4：拆除钢套筒：在二次下放导管浇筑的混凝土顺利灌注后，测量到钢套筒周边混凝土面上升时，进行拆除钢套筒；S5：正常浇筑混凝土。本发明的水下混凝土导管堵管处理的施工方法操作便利，对下放后的钢筋笼无影响，可杜绝二次浇筑混凝土时混凝土表面的泥浆、沉渣加入混凝土内，提高了钻孔桩或地连墙的浇筑质量，可保障基坑工程开挖过程中的安全。