本发明公开了一种河道灌溉水体净化设备及其净化方法，涉及水体处理技术领域，包括底座，所述底座顶部固定连接有净化池，所述净化池内壁固定连接有分隔板。本发明中，储液箱二安装在净化池上方，水泵三分别与连接管三和连接管四固定连通，可将水体送入储液箱二中检测，通过电机一驱动螺纹杆转动，可调节储液箱一和水位检测仪的使用位置，利用水质检测仪二和水质检测仪一可对水体在净化前后进行双重检测，从而快速获取污染物含量的变化，进而保证对水体的净化效果，避免污染物超标，减少对农作物生长的损害，利用电机三和减速箱驱动搅拌杆转动，可加速药剂与水体的融合，缩短水体反应时间，从而提高水体净化的效率。