本发明公开了一种面向高性能计算系统的异常检测方法及系统，本发明的方法包括获取计算系统中计算结点对应的监控指标切分后的数据片段；提取数据片段的特征向量，并对特征向量进行聚类得到聚类簇；利用数据片段中靠近聚类簇质心的部分数据片段训练共享模型，以得到训练好的共享模型；利用提取的实时的监控指标的特征与聚类簇进行模式匹配，并根据模式匹配结果利用训练好的共享模型检测目标结点中的异常数据以得到异常数据检测结果。本发明能够及时的检测到高性能计算系统中结点的异常数据，保证异常检测的准确性。