本发明涉及一种秦皮艾草组合物的制备方法：将灭菌后的秦皮粉末与含发酵菌和生物酶的水溶液混合，发酵，酶解；加入水提取，过滤，减压浓缩，离心，取上清液过聚酰胺树脂柱，先用水洗脱，再用10%‑30%乙醇洗脱，最后用70%‑90%乙醇洗脱并收集洗脱液，减压浓缩至干，得秦皮木脂素类成分提取物；艾草粉末中加入含水量10%‑30%的DES、及2%‑5%的纤维素酶，提取，过滤，滤液减压浓缩，离心，取上清液过中压制备色谱，30‑50%乙醇洗脱并收集洗脱液，减压浓缩至干，即得艾草绿原酸类成分提取物；所述秦皮艾草组合物即为秦皮木脂素类成分提取物和/或艾草绿原酸类成分提取物的混合物。该秦皮艾草组合物具有抗菌抗炎抗过敏作用，可广泛用于痤疮的预防和治疗。