本发明提供了一种改性三维多孔碳基硅碳负极材料及其制备方法，属于锂离子电池负极材料技术领域。本发明将有机碳源和导电剂混合于溶液中，将得到的混合物在惰性气体条件下顺次进行干燥固化、碳化，得到改性碳前驱体；将改性碳前驱体在惰性气体条件下进行活化处理，得到改性三维多孔碳骨架；在保护气体条件下，向改性三维多孔碳骨架通入硅烷气，进行气相沉积得到硅/改性三维多孔复合材料；在保护气体条件下，向硅/改性三维多孔复合材料通入碳源气，进行气相沉积得到改性三维多孔碳基硅碳负极材料。本发明制备的改性三维多孔碳基硅碳负极材料，膨胀率低，循环性能好，导电性优异。