本发明涉及生态环境评价技术领域，尤其涉及一种用于河湖环境的生态效应影响评估方法及系统。所述方法包括以下步骤：对河湖水域进行遥感图像拍摄，并进行图像处理，得到监测河湖水体掩膜数据；对监测河湖水体掩膜数据进行水量分布波动分析，生成水量分布波动数据；对水量分布波动数据进行生态扰动关联处理，生成生态水量扰动关联数据；根据生态水量扰动关联数据构建生态效应预测模型；利用生态效应预测模型进行动态生态效应预测，并进行引水计划管控处理，从而得到河湖环境管理反馈数据。本发明通过对河湖水域进行动态监测以及空间异质性分析，实现了对引水活动生态效应影响的智能评估，从而最大限度地减少引水活动对河湖生态系统的负面影响。