本发明提供了一种负极复合材料及其制备方法和应用。本发明的负极复合材料，包括复合颗粒以及包覆所述复合颗粒的碳包覆层，所述复合颗粒包括石墨材料以及包覆所述石墨材料的硬碳骨架，所述硬碳骨架中分布有孔状结构，所述孔状结构中沉积有硅。本发明的负极复合材料有效解决了硅材料高膨胀和极差的循环稳定性问题，还解决了硅材料和石墨掺混分散不均，接触不良以及压实较低等技术问题。该负极复合材料具有高的克容量、优良的离子/电子传输能力以及较高的压实，将其用于锂离子电池时，得到的锂离子电池表现出高的能量密度、良好的倍率性能和循环性能。本发明还提供了负极复合材料的制备方法和应用。