本发明公开了一种芯粒互联配置初始化方法以及芯粒互联系统。该方法包括：通过低速总线接收到初始化配置报文；针对所述从芯粒中各通用芯粒互联模块，通过所述通用芯粒互联模块对应的匹配模块，基于预存的匹配标识，与所述初始化配置报文的报文标识进行匹配，得到报文匹配结果；通过所述通用芯粒互联模块对应的匹配模块，在所述报文匹配结果为所述初始化配置报文与所述匹配标识对应时，将所述初始化配置报文发送至所述通用芯粒互联模块；通过所述通用芯粒互联模块，根据所述初始化配置报文进行初始化，并进入工作状态。本发明实施例的技术方案可以提高配置数据的传输速率，提高通用芯粒互联模块的初始化效率。