本发明属于材料领域，具体公开了一种磁性杂多酸盐聚合物复合催化剂、制备方法及其应用。所述的磁性杂多酸盐聚合物复合催化剂包括杂多酸盐与载体，所述的载体包括内核与内核外包覆的聚合物；所述的内核包括Fe3O4纳米颗粒；所述的聚合物包括聚烯丙基胺；在包覆聚合物的载体表面进行季铵基改性处理。本发明提出的制备方法利用自身高含量氨基基团的聚合物包裹磁性颗粒，继而与季铵基化试剂发生反应，在其表面接枝大量的季铵基基团，实现杂多酸的高固载合成，有效解决了杂多酸活性组分负载量低和在液相有机反应中易流失问题，制备的催化剂具有优异的可重复利用性和高催化效率，成本低，便于进行磁分离。